<html>

<body>

At 09:09 AM 6/9/2004 +1000, you wrote:<br>

<blockquote type=cite class=cite cite><blockquote type=cite class=cite cite>consider

the whole molecule as single super atom. Right now the index file can

consider each atoms as separate points, I am more interested in the whole

molecule together. Is there a algorithm somewhere can solve this

problem?</blockquote><br>

Is there a central atom that you can chose to be the of the entire

molecule and measure the RDF from that?<br>

</blockquote><br>

Thanks for your comments. Your idea is definitely right for some

molecules like N,N-dimethyl-formamide, I will use the N atoms as the

center of the whole molecules as you suggested. For another solvent in my

system: Cyclohexane with a cyclic structure is impossible to find a atom

at the center. <br><br>

<blockquote type=cite class=cite cite>Catch ya,<br><br>

<b>Dr. Dallas Warren<br>

</b><i>Research Fellow<br>

</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>

Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>

381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>

<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>

</u></font>+61 3 9903 9083<br>

<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>

<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to

resemble a nail.</i></font> <br>

_______________________________________________<br>

gmx-users mailing list<br>

gmx-users@gromacs.org<br>

<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" eudora="autourl">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>

www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

</blockquote></body>

<br>

</html>