<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; Hello gromacs users<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am trying to run md-simulation on a protein having ATP. I could not run &quot;pdb2gmx&quot; with a protein having ATP. Then i was told by gromacs user to use prodrg. I followed a tutorial by name DRUG-Enzyme complex of Gromacs and i did as follows<BR>
<BR>
&nbsp; 1.I submitted atp file alone to prodrg and if has given many out-put files from them i used DRGGMX.itp (renamed to atp.itp)&nbsp; and DRGFIN.gro for futher use.<BR>
<BR>
&nbsp; 2. I processed protein file alone with pdb2gmx<BR>
&nbsp; 3. Appended DRGFIN.gro at the end of protein.gro<BR>
&nbsp; 4. Then edited protein.top as follows<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  - add&nbsp; #include &quot;atp.itp&quot; after the force field parameter<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  - Under [molecules] section : add ATP under compound and <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  2 under #mols.<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp;  Then i processed with following commands<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  - editconf<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  - genbox<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am successful with these two commands<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; But when i used grommp command it is giving fallowing error<BR>
Fatal error: Invalid order for directive atoms, file &quot;&quot;atp.itp&quot;&quot;,line 1<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Kindly suggest me a solution for this problem<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; With many thanks in advance<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Prasad reddy<BR>
&nbsp; 
</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>