<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<P>Dear all:</P>
<P>I need to execute Gromacs with MPI version, for example, in common PC with 1 
CPU, we use the following command to make MD running.</P>
<P>mdrun -v -s em -e em -o em -c after_em.</P>
<P>What is the corresponding command with "mdrun_mpi"? assuming I use 16 
parallel CPUs.</P>
<P>Another question: can I use "mdrun -np 16 -v -s em...." to replace 
"mdrun_mpi", are both the same?</P>
<P>Thanks !</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Regards</P>
<P>Yinghong</P>
<P>HongKong Univ.</P></BODY></HTML>