
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2654.19">

<TITLE>SUSPICIOUS: Pressure scaling ... </TITLE>

</HEAD>

<BODY>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Dear ALL:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I'm running (or trying to run) a MD with the following .mdp file ( s system composed of 10 different ions)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">A room temperature and 1 bar:</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = My Structure</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; RUN CONTROL PARAMETERS = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; start time and timestep in ps = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 60000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; number of steps for center of mass motion removal = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; OUTPUT CONTROL OPTIONS = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Output frequency for energies to log file and energy file = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Output frequency and precision for xtc file = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; select multiple groups. By default all atoms will be written. = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">xtc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Si O Al B Mg Ca Ba Sr As Na </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Selection of energy groups = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Si O Al B Mg Ca Ba Sr As Na </FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nblist update frequency = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; ns algorithm (simple or grid) = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Periodic boundary conditions: xyz or none = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nblist cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.5</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.75</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">domain-decomposition&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Method for doing electrostatics = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.8</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.8</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20 </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Method for doing Van der Waals = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">vdw_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.8</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.8</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Spacing for the PME/PPPM FFT grid = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.12</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; EWALD/PME/PPPM parameters = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Temperature coupling&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Groups to couple separately = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = SiG O Al B Mg Ca Ba Sr As Na </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Time constant (ps) and reference temperature (K) = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0 5.0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0 300.0</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Pressure coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 25.0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.5E-7&nbsp;&nbsp; </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 9.804E-7&nbsp;&nbsp; </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; SIMULATED ANNEALING CONTROL = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no no no no no no no no no no</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Time at which temperature should be zero (ps) = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;zero_temp_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 473529</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; OPTIONS FOR BONDS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Type of constraint algorithm = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Do not constrain the start configuration = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">unconstrained_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Relative tolerance of shake = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0001</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; rotates over more degrees than = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Convert harmonic bonds to morse potentials = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; NMR refinement stuff&nbsp; = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Force weighting of pairs in one distance restraint: Equal or Conservative = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Equal</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">disre_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">disre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.25</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Output frequency for pair distances to energy file = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; Free energy control stuff = </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">sc-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">sc-sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I searched the user list and I tried many different values of tau_p (from 0.1 to 70 (!) )but that did not help at all.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">The same .mdp file adapted to Si only works perfectly!</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks in advance for the help.</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Adama Tandia</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Modeling &amp; Simulation</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Corning INC</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Corning, NY 14831 USA</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Tel:&nbsp; 607 248 1036</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Fax: 607 974 3405</FONT>

<BR><A HREF="www.corning.com"><U><FONT COLOR="#0000FF" SIZE=2 FACE="Arial">www.corning.com</FONT></U></A>

</P>


</BODY>

</HTML>