
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

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<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2654.19">

<TITLE>How to get one T coupling for a multi component systems ?</TITLE>

</HEAD>

<BODY>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Dear All:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I want to run a MD of a structure composed of thousands of atoms belonging to n (n&gt;&gt; 2) different types.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">There is no bonding between atoms of the system.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I developed the following .top file, which required n different T couplings</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">SiG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SiG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; SiG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SiG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128.08000</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.81</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.00</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.99</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.31</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.98</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74.91</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87.62</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residue&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 137.33</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">...</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ system ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">GLASS_SYSTEM</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ molecules ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">SiG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">B</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Mg</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">Ba</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">...</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">A first guess, probably wrong, would be to consider the whole system as one molecule and gothe folowing way:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ moleculetype ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">; name&nbsp; nrexcl</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">GLASS&nbsp;&nbsp; 0</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ atoms ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SiG&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS SiG&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.0&nbsp;&nbsp; 28.08000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.81</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.00</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.99</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.31</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Al&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.98</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ca&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Ca&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.08</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; As&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74.91</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Sr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87.62</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLASS&nbsp;&nbsp; Ba&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 137.33</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ system ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">GLASS_SYSTEM</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">[ molecules ]</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">GLASS 2004</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;I'm afraid that this will consider the system as composed of 2004 molecules, with a total number of atoms of 10*2004=20040!</FONT></P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Any help?</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Adama Tandia</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Modeling &amp; Simulation</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Corning INC</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Corning, NY 14831 USA</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Tel:&nbsp; 607 248 1036</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Fax: 607 974 3405</FONT>

<BR><A HREF="www.corning.com"><U><FONT COLOR="#0000FF" SIZE=2 FACE="Arial">www.corning.com</FONT></U></A>

</P>


</BODY>

</HTML>