<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="IncrediMail 1.0" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY style="BACKGROUND-POSITION: left 0px; FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0px 10px 10px; COLOR: #00005b; BACKGROUND-REPEAT: repeat; FONT-FAMILY: Arial" text=#00005b bgColor=#eff3f7 background=cid:600AAB11-76F5-49B0-B83D-3EB11D728A8A scroll=yes SIGCOLOR="0" ORGYPOS="0">
<TABLE id=INCREDIMAINTABLE cellSpacing=0 cellPadding=2 width="100%" border=0>
<TBODY>
<TR>
<TD id=INCREDITEXTREGION style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 0px; FONT-SIZE: 12pt; PADDING-BOTTOM: 0px; CURSOR: auto; PADDING-TOP: 0px" vAlign=top width="100%">
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I need to know since I can make a MD of a neutral&nbsp; LYS (NH2).<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>thank you very much
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Mauricio Arenas Salinas</DIV>
<DIV>Centro de Bioinformatica</DIV>
<DIV>Universidad de Talca</DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT color=#000000>Fono: 56-71-201661</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT color=#000000>Fax : 56-71-201561</FONT></P></DIV>
<DIV>marenas@utalca.cl</DIV>
<DIV>Talca,Chile.</DIV>
<DIV id=IncrediOriginalMessage><I>-------Mensaje original-------</I></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV id=receivestrings>
<DIV dir=ltr style="FONT-SIZE: 11pt" <i><B>De:</B></I> <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV dir=ltr style="FONT-SIZE: 11pt" <i><B>Fecha:</B></I> 07/27/04 14:44:54</DIV>
<DIV dir=ltr style="FONT-SIZE: 11pt" <i><B>Para:</B></I> <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV dir=ltr style="FONT-SIZE: 11pt" <i><B>Asunto:</B></I> gmx-users Digest, Vol 3, Issue 65</DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Send gmx-users mailing list submissions to</DIV>
<DIV>&nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit</DIV>
<DIV>&nbsp; <A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV>
<DIV>or, via email, send a message with subject or body 'help' to</DIV>
<DIV>&nbsp; <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>You can reach the person managing the list at</DIV>
<DIV>&nbsp; <A href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>When replying, please edit your Subject line so it is more specific</DIV>
<DIV>than "Re: Contents of gmx-users digest..."</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Today's Topics:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 1. Re: The meaning of rlist, rvdm and rcolumn (Anton Feenstra)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 2. CRY-ED question (Ruben Martinez Buey)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 3. Re: CRY-ED question (Bert de Groot)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 4. multiple backups (Berk Hess)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 5. Re: multiple backups (Nguyen Hoang Phuong)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 6. Re: problem with -multi (Anton Feenstra)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 7. Re: multiple backups (Bert de Groot)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 8. Re: multiple backups (Andrey V Golovin)</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; 9. Re: multiple backups (Anton Feenstra)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>----------------------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 1</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 13:38:57 +0200</DIV>
<DIV>From: Anton Feenstra &lt;<A href="mailto:feenstra@chem.vu.nl">feenstra@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] The meaning of rlist, rvdm and rcolumn</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:41063ED1.3030709@chem.vu.nl">41063ED1.3030709@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Li Dawei wrote:</DIV>
<DIV>&gt; 1, In every nstlist steps, neighbor will be build. And the neighbor list</DIV>
<DIV>&gt; contains pairs whose distance is shorter than rvdw or rcoul.</DIV>
<DIV>&gt; 2, Only paris whose distance is shorter than rlist will be calculated in</DIV>
<DIV>&gt; each step?</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; If this is the case, the actual cut-off is rlist?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>No. Forces for distances up to rvdw and rcoul are evaluated each</DIV>
<DIV>nstlist steps, and these forces are used till the next update (nstlist</DIV>
<DIV>steps later). Forces for distanes &lt; rlist are evaluated each step.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&gt; Am I rihgt? Another problem is that grompp still report that rlist&gt;rvdm</DIV>
<DIV>&gt; is an error even vmdtypw is set to shift.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I wouldn't be surprized if the manual and the code for shift disagree...</DIV>
<DIV>IIRC, this has been discussed before on the list, have you searched for this?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--</DIV>
<DIV>Groetjes,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Anton</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;_____________ _______________________________________________________</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| / \ / \'| | | Dept. of Pharmacochem. - Vrije Universiteit Amsterdam |</DIV>
<DIV>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081 HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| \_/ \_/ | | | Tel: +31 20 44 47608 - Fax: +31 20 44 47610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | Feenstra@chem.vu.nl - <A href="http://www.chem.vu.nl/~feenstra/">www.chem.vu.nl/~feenstra/</A>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | "If You See Me Getting High, Knock Me Down"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | (Red Hot Chili Peppers)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|_____________|_______________________________________________________|</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 2</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 13:40:31 +0200</DIV>
<DIV>From: Ruben Martinez Buey &lt;<A href="mailto:ruben@akilonia.cib.csic.es">ruben@akilonia.cib.csic.es</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: [gmx-users] CRY-ED question</DIV>
<DIV>To: <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:41063F2F.67830C3C@akilonia.cib.csic.es">41063F2F.67830C3C@akilonia.cib.csic.es</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&gt; Hi all,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I would like to compare my MD/ED simulations with a CRY-ED analysis of my protein,</DIV>
<DIV>but I only have two crystal structures. Can I correctly deduce the essential</DIV>
<DIV>dynamics from only two experimental conformations?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot in advance,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Bests,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Ruben</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--</DIV>
<DIV>___________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Rubén Martínez-Buey. PhD student</DIV>
<DIV>Protein Function and Structure Dept. Lab. 352</DIV>
<DIV>Centro de Investigaciones Biológicas (CIB-CSIC)</DIV>
<DIV>C/ Velázquez, 144,&nbsp;&nbsp;28006&nbsp;&nbsp;MADRID (SPAIN)</DIV>
<DIV>Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380</DIV>
<DIV>Fax: +34-91-562 75 18</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>-------------- next part --------------</DIV>
<DIV>An HTML attachment was scrubbed...</DIV>
<DIV>URL: <A href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20040727/0db7dd58/attachment-0001.htm">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20040727/0db7dd58/attachment-0001.htm</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 3</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:01:29 +0200</DIV>
<DIV>From: Bert de Groot &lt;<A href="mailto:bgroot@gwdg.de">bgroot@gwdg.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] CRY-ED question</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:41064419.3090003@gwdg.de">41064419.3090003@gwdg.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Ruben Martinez Buey wrote:</DIV>
<DIV>&gt;&gt; Hi all,</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; I would like to compare my MD/ED simulations with a CRY-ED analysis of</DIV>
<DIV>&gt; my protein, but I only have two crystal structures. Can I correctly</DIV>
<DIV>&gt; deduce the essential dynamics from only two experimental conformations?</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Only partially. Obviously, from a PCA in this case you'll get only one (meaningful) eigenvector:</DIV>
<DIV>the difference vector between the two conformations.</DIV>
<DIV>But this can still be used in e.g. a comparison to a simulation.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Bert</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>____________________________________________________________________________</DIV>
<DIV>Dr. Bert de Groot</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</DIV>
<DIV>Computational biomolecular dynamics group</DIV>
<DIV>Am Fassberg 11</DIV>
<DIV>37077 Goettingen, Germany</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>tel: +49-551-2012308, fax: +49-551-2012302</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>email: <A href="mailto:bgroot@gwdg.de">bgroot@gwdg.de</A></DIV>
<DIV><A href="http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/073">http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/073</A></DIV>
<DIV>____________________________________________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 4</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:09:41 +0200</DIV>
<DIV>From: "Berk Hess" &lt;<A href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: [gmx-users] multiple backups</DIV>
<DIV>To: <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:BAY16-F27jSiLud7Fay000c1620@hotmail.com">BAY16-F27jSiLud7Fay000c1620@hotmail.com</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I would like to know what the Gromacs users think of multiple backups.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>As of version 3.1.2 Gromacs makes multiple backups of files.</DIV>
<DIV>If you use the same mdrun command four times</DIV>
<DIV>in the same directory you would have for instance:</DIV>
<DIV>#md.log.1#</DIV>
<DIV>#md.log.2#</DIV>
<DIV>#md.log.3#</DIV>
<DIV>md.log</DIV>
<DIV>Before version 3.1.2 Gromacs would make only one backup</DIV>
<DIV>and you would lose all the older files:</DIV>
<DIV>#md.log#</DIV>
<DIV>md.log</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I can see that this could be useful in that you never loose files,</DIV>
<DIV>unless you type rm.</DIV>
<DIV>But personally I find all these files quite annoying and I know</DIV>
<DIV>of may people that think the same.</DIV>
<DIV>When doing analysis or when trying to start a simulation which</DIV>
<DIV>has some problems you often type the same command many</DIV>
<DIV>times and the directory is quickly flooded with more than a hundred</DIV>
<DIV>backup files. I have never used a backup file beyond the last backup.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>So I propose to go back to the old system which has only</DIV>
<DIV>a single backup for each file.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Berk.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>_________________________________________________________________</DIV>
<DIV>Don’t just search. Find. Check out the new MSN Search!</DIV>
<DIV><A href="http://search.msn.click-url.com/go/onm00200636ave/direct/01/">http://search.msn.click-url.com/go/onm00200636ave/direct/01/</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 5</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:21:11 +0200 (MEST)</DIV>
<DIV>From: Nguyen Hoang Phuong &lt;<A href="mailto:phuong@theochem.uni-frankfurt.de">phuong@theochem.uni-frankfurt.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] multiple backups</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID:</DIV>
<DIV>&nbsp; &lt;<A href="mailto:Pine.LNX.4.44.0407271416010.8969-100000@marge.theochem.uni-frankfurt.de">Pine.LNX.4.44.0407271416010.8969-100000@marge.theochem.uni-frankfurt.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&gt; I would like to know what the Gromacs users think of multiple backups.</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; As of version 3.1.2 Gromacs makes multiple backups of files.</DIV>
<DIV>&gt; If you use the same mdrun command four times</DIV>
<DIV>&gt; in the same directory you would have for instance:</DIV>
<DIV>&gt; #md.log.1#</DIV>
<DIV>&gt; #md.log.2#</DIV>
<DIV>&gt; #md.log.3#</DIV>
<DIV>&gt; md.log</DIV>
<DIV>&gt; Before version 3.1.2 Gromacs would make only one backup</DIV>
<DIV>&gt; and you would lose all the older files:</DIV>
<DIV>&gt; #md.log#</DIV>
<DIV>&gt; md.log</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; I can see that this could be useful in that you never loose files,</DIV>
<DIV>&gt; unless you type rm.</DIV>
<DIV>&gt; But personally I find all these files quite annoying and I know</DIV>
<DIV>&gt; of may people that think the same.</DIV>
<DIV>&gt; When doing analysis or when trying to start a simulation which</DIV>
<DIV>&gt; has some problems you often type the same command many</DIV>
<DIV>&gt; times and the directory is quickly flooded with more than a hundred</DIV>
<DIV>&gt; backup files. I have never used a backup file beyond the last backup.</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; So I propose to go back to the old system which has only</DIV>
<DIV>&gt; a single backup for each file.</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; Berk.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I absolutely agree with Berk's idea.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Phuong</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 6</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 13:40:07 +0200</DIV>
<DIV>From: Anton Feenstra &lt;<A href="mailto:feenstra@chem.vu.nl">feenstra@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] problem with -multi</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:41063F17.8010406@chem.vu.nl">41063F17.8010406@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Nguyen Hoang Phuong wrote:</DIV>
<DIV>&gt; What is the reason why I should *NOT* use this option for several</DIV>
<DIV>&gt; normal runs ? Is it a technical problem?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>There is no point. It is so much simpler to just start several independent mdruns.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--</DIV>
<DIV>Groetjes,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Anton</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;_____________ _______________________________________________________</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| / \ / \'| | | Dept. of Pharmacochem. - Vrije Universiteit Amsterdam |</DIV>
<DIV>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081 HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| \_/ \_/ | | | Tel: +31 20 44 47608 - Fax: +31 20 44 47610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | Feenstra@chem.vu.nl - <A href="http://www.chem.vu.nl/~feenstra/">www.chem.vu.nl/~feenstra/</A>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | "If You See Me Getting High, Knock Me Down"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | (Red Hot Chili Peppers)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|_____________|_______________________________________________________|</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 7</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:26:06 +0200</DIV>
<DIV>From: Bert de Groot &lt;<A href="mailto:bgroot@gwdg.de">bgroot@gwdg.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] multiple backups</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:410649DE.3030806@gwdg.de">410649DE.3030806@gwdg.de</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Berk Hess wrote:</DIV>
<DIV>&gt; Hi,</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&gt; I would like to know what the Gromacs users think of multiple backups.</DIV>
<DIV>&gt;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>personally, I can live with them, but it would be nice if with e.g. an environment variable</DIV>
<DIV>one could switch back to the old, one backup only, behaviour. This environment variable</DIV>
<DIV>could optionally be defined&nbsp;&nbsp;in the GMXRC file. I would probably favour a secure default value,</DIV>
<DIV>ie multiple backups enabled.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Bert</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>____________________________________________________________________________</DIV>
<DIV>Dr. Bert de Groot</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</DIV>
<DIV>Computational biomolecular dynamics group</DIV>
<DIV>Am Fassberg 11</DIV>
<DIV>37077 Goettingen, Germany</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>tel: +49-551-2012308, fax: +49-551-2012302</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>email: <A href="mailto:bgroot@gwdg.de">bgroot@gwdg.de</A></DIV>
<DIV><A href="http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/073">http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/073</A></DIV>
<DIV>____________________________________________________________________________</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 8</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:30:57 +0200</DIV>
<DIV>From: Andrey V Golovin &lt;<A href="mailto:golovin@genebee.msu.su">golovin@genebee.msu.su</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] multiple backups</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:28802801.20040727143057@genebee.msu.su">28802801.20040727143057@genebee.msu.su</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Dear Berk,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Tuesday, July 27, 2004, 2:09:41 PM, you wrote:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>BH&gt; Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>BH&gt; I would like to know what the Gromacs users think of multiple backups.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>BH&gt; As of version 3.1.2 Gromacs makes multiple backups of files.</DIV>
<DIV>BH&gt; If you use the same mdrun command four times</DIV>
<DIV>BH&gt; in the same directory you would have for instance:</DIV>
<DIV>BH&gt; #md.log.1#</DIV>
<DIV>BH&gt; #md.log.2#</DIV>
<DIV>BH&gt; #md.log.3#</DIV>
<DIV>BH&gt; md.log</DIV>
<DIV>BH&gt; Before version 3.1.2 Gromacs would make only one backup</DIV>
<DIV>BH&gt; and you would lose all the older files:</DIV>
<DIV>BH&gt; #md.log#</DIV>
<DIV>BH&gt; md.log</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>BH&gt; I can see that this could be useful in that you never loose files,</DIV>
<DIV>BH&gt; unless you type rm.</DIV>
<DIV>BH&gt; But personally I find all these files quite annoying and I know</DIV>
<DIV>BH&gt; of may people that think the same.</DIV>
<DIV>BH&gt; When doing analysis or when trying to start a simulation which</DIV>
<DIV>BH&gt; has some problems you often type the same command many</DIV>
<DIV>BH&gt; times and the directory is quickly flooded with more than a hundred</DIV>
<DIV>BH&gt; backup files. I have never used a backup file beyond the last backup.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>yes it's REALLY annoying. =)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>BH&gt; So I propose to go back to the old system which has only</DIV>
<DIV>BH&gt; a single backup for each file.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>may be could be better to set up some environment variable that</DIV>
<DIV>responsible for number of backups.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--</DIV>
<DIV>Best regards,</DIV>
<DIV>&nbsp; Andrey&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<A href="mailto:golovin@genebee.msu.su">mailto:golovin@genebee.msu.su</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Message: 9</DIV>
<DIV>Date: Tue, 27 Jul 2004 14:52:51 +0200</DIV>
<DIV>From: Anton Feenstra &lt;<A href="mailto:feenstra@chem.vu.nl">feenstra@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Subject: Re: [gmx-users] multiple backups</DIV>
<DIV>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;</DIV>
<DIV>Message-ID: &lt;<A href="mailto:41065023.40909@chem.vu.nl">41065023.40909@chem.vu.nl</A>&gt;</DIV>
<DIV>Content-Type: text/plain; charset=us-ascii; format=flowed</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Berk Hess wrote:</DIV>
<DIV>&gt; So I propose to go back to the old system which has only</DIV>
<DIV>&gt; a single backup for each file.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I simply have an alias 'clean' that does something like 'rm -f #*#' which</DIV>
<DIV>I type as soon as my dir becomes cluttered. I did that already with the</DIV>
<DIV>single backups, and still do it. For me it is fine as it is now with the</DIV>
<DIV>multiple backups - and occasionally I have even used the older backup files.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--</DIV>
<DIV>Groetjes,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Anton</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;_____________ _______________________________________________________</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;_&nbsp;&nbsp; _&nbsp;&nbsp;___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| / \ / \'| | | Dept. of Pharmacochem. - Vrije Universiteit Amsterdam |</DIV>
<DIV>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081 HV Amsterdam - Netherlands&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>| \_/ \_/ | | | Tel: +31 20 44 47608 - Fax: +31 20 44 47610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | Feenstra@chem.vu.nl - <A href="http://www.chem.vu.nl/~feenstra/">www.chem.vu.nl/~feenstra/</A>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | "If You See Me Getting High, Knock Me Down"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | (Red Hot Chili Peppers)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</DIV>
<DIV>|_____________|_______________________________________________________|</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>_______________________________________________</DIV>
<DIV>gmx-users mailing list</DIV>
<DIV><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A></DIV>
<DIV><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>End of gmx-users Digest, Vol 3, Issue 65</DIV>
<DIV>****************************************</DIV></TD></TR>
<TR>
<TD id=INCREDIFOOTER width="100%">
<TABLE cellSpacing=0 cellPadding=0 width="100%">
<TBODY>
<TR>
<TD width="100%"></TD>
<TD id=INCREDISOUND vAlign=bottom align=middle></TD>
<TD id=INCREDIANIM vAlign=bottom align=middle></TD></TR></TBODY></TABLE></TD></TR></TBODY></TABLE><SPAN id=IncrediStamp><SPAN dir=ltr><FONT face="Arial, Helvetica, sans-serif" size=2>_________________________________________________________________<BR><FONT face="Comic Sans MS" size=2><A href="http://www.incredimail.com/redir.asp?ad_id=310&amp;lang=10"><IMG alt="" hspace=0 src="cid:3E1FEC74-F928-4DA9-AF7B-7CFC05A9227C" align=baseline border=0></A>&nbsp; <I>IncrediMail</I> - <B>El Email ha evolucionado finalmente</B> - </FONT><A href="http://www.incredimail.com/redir.asp?ad_id=310&amp;lang=10"><FONT face="Times New Roman" size=3><B><U>Haga clic aquí</U></B></FONT></A></SPAN></SPAN></FONT></BODY></HTML>