
<html>

<blockquote type=cite class=cite cite>I am trying to remove the water

from my .trr file. I think I need to use <br>

tpbconv, but I don't know how to use tpbconv....<br>

Would you tell me how to use tpbconv to remove water from my .trr

file?</blockquote><br>

First make an index file using make_ndx and ensure that you create a

group the contains all the molecules/atoms you want in the final

trajectory file minus the water.<br><br>

Then run trjconv with the -f, -o and -n switches, and select the

appropriate index group when prompted.<br><br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

<b>Dr. Dallas Warren<br>

</b><i>Research Fellow<br>

</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>

Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>

381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>

<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>

</u></font>+61 3 9903 9083<br>

<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>

<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to

resemble a nail.</font></i></html>