<P>
&nbsp; <BR>
&nbsp; Hello gromacs users,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I am simulating a protien with ATP.&nbsp; Gromacs did accept protein part of pdb file where as it did not accept ATP.I was told by a gromacs user to change the atom names as per *.rtp ( Since i used force field 0 of version 3.1.1 or force field 4 of version 3.2, the corrosponding one is ffgmx.rtp) file. But ATP of ffgmx.rtp contains hydrogens which are not there in pdb file. Hence i protonated atp and used. If i use grompp command to create *.tpr file it is complaining dihedral angle problem especially with ATP atoms.Any suugestions to over come this problem is deeply appreciated. <BR>
<BR>
Thanking you<BR>
<BR>
prasad. 
</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>