<DIV>Hi Everyone, </DIV>
<DIV>Can anyone give me some pointers regarding the paramaters used in softcore potentials. I have a ligand protein complex which i have generated with Autodock, and would like to refine it as the ligand is close to the proposed docking site not a little out. I have tried using MD to refine the initial dock (5ns), but the ligand stayed where is was. As i understand it softcore potential may allow a reduced potentail so that the ligand can overcome steric barriers etc? I really need some help on this</DIV>
<DIV>Cheers</DIV>
<DIV>Chris</DIV><p>
                <hr size=1> <font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><a href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=21626/*http://uk.messenger.yahoo.com"><strong><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">ALL-NEW 
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