<P>
&nbsp; <BR>
Dear Xavier Periole,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  thanks for your mail. I used grep command to find out the term 'donors' on all the corrosponding files of force field i am using. I am using ff-2 of Gromacs version 3.1.1. But no file is having term 'donor'. Kindly suugest me any other way to over come this problem. <BR>
<BR>
Thanking you<BR>
<BR>
prasad reddy. <BR>
<BR>
On Fri, 27 Aug 2004 Xavier Periole wrote :<BR>
&gt;SLN Prasad Reddy wrote:<BR>
&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hello gromacs users,<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am working on&nbsp; a protein with ATP. When i do hydrogen bond anlysis (g-hbond), gromacs is complaining <BR>
&gt;&gt;No Donors or Acceptors found in group 'ATP'<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; i used PDB file of ATP containing all residues as per *.rtp file.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Kindly suggest me a solution for my problem.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Many thanks in advance<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;prasad reddy <BR>
&gt;&gt;&nbsp; <BR>
&gt;You have to define the donors and acceptors atoms some where in the toplogy files !!!<BR>
&gt;Probably not done for ATP !! A grep on donor on all the files in the top directory<BR>
&gt;should help you find out how to define those donor/acceptor<BR>
&gt;XAvier<BR>
&gt;<BR>
&gt;-- ----------------------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp;  Xavier Periole - Ph.D.<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp;  Dept. of Biophysical Chemistry / MD Group&nbsp;  Univ. of Groningen<BR>
&gt;&nbsp;  Nijenborgh 4<BR>
&gt;&nbsp;  9747 AG Groningen<BR>
&gt;&nbsp;  The Netherlands<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp;  Tel: +31-503634329<BR>
&gt;&nbsp;  Fax: +31-503634800<BR>
&gt;&nbsp;  email: x.periole@chem.rug.nl<BR>
&gt;&nbsp;  web-page: http://md.chem.rug.nl/~periole<BR>
&gt;&nbsp;  ----------------------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list<BR>
&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>

</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>