<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2600.0" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello Alok,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Try to follow 
this order, before the energy minimization, where ache is the name of your pdb 
file:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>
<P>pdb2gmx -f ache.pdb -o ache.gro -p ache.top</P><FONT size=2>
<P>editconf -bt cubic -f ache.gro -o ache.gro -c -d 0.65</P><FONT size=2>
<P>genbox -cp ache.gro -cs spc216.gro -o ache_st.gro -p ache.top</P><FONT 
size=2>
<P>make_ndx -f ache</P></FONT>
<P><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</P>
<P><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</P>
<P><FONT 
face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Arlan da Silva Gonçalves</FONT></P>
<P>&nbsp;</P></FONT>
<P><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</P></FONT>
<P><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</P></FONT></DIV></BODY></HTML>