<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1458" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi Maarten</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Perhaps with g_cluster.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>If the protein doens't have large conformational 
changes during your simulation, I think you could do clustering of the run, and 
if I'm not mistaken, g_cluster has an option to spill out the average structure 
and/or the central structure of each found cluster.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Best regards,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Nuno</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=maarten_wolf@yahoo.co.uk 
  href="mailto:maarten_wolf@yahoo.co.uk">Maarten Wolf</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Thursday, September 16, 2004 12:05 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [gmx-users] calc. average 
  protein structure</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>Hello,</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Does anyone know how I can compute/calculate&nbsp;the average structure 
  of my protein after an md simulation?</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Thanks in advance,</DIV>
  <DIV>Greetings,</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Maarten Wolf</DIV>
  <DIV>TuDelft</DIV>
  <P>
  <HR SIZE=1>
  <FONT face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" size=2><A 
  href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=21626/*http://uk.messenger.yahoo.com"><STRONG><FONT 
  face="Arial, Helvetica, sans-serif">ALL-NEW Yahoo! 
  Messenger</FONT></STRONG></A><FONT 
  face="Arial, Helvetica, sans-serif"><STRONG> - all new features - even more 
  fun!</STRONG></FONT><STRONG><FONT color=#ff9900> </FONT></STRONG></FONT>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing 
  list<BR><A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A 
  href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please 
  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>