
<html><div style='background-color:'><P>Hi everybody.</P>

<P>I would like to perform a brownian dynamic but I receive a fatal error that I don't understand (it concerns the determinant). I'm not sure that the parameters I'm using are right.....</P>

<P>&nbsp;Can anybody solve my problem?</P>

<P>I send you the mdp file that I'm using and the md.log file. Thank you in advance for help.</P>

<P>Bye Sara<BR><BR></P>

<P>&nbsp;</P>

<P>md.log</P>

<P><BR>Log file opened: nodeid 0, nnodes = 1, host = unknown, process = 356<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.1.2&nbsp; (-:</P>

<P><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2002, University of Groningen, The Netherlands<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; mdrun&nbsp; (-:</P>

<P><BR>++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<BR>E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel<BR>GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis<BR>J. Mol. Mod. 7 (2001) pp. 306-317<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</P>

<P><BR>++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<BR>H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen<BR>GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation<BR>Comp. Phys. Comm. 91 (1995) pp. 43-56<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</P>

<P>There are 0 atoms for free energy perturbation<BR>Input Parameters:<BR>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = bd<BR>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 25000<BR>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<BR>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; bDomDecomp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; decomp_dir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<BR>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nb

 sp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<BR>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<BR>&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.004<BR>&nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp

 ; = 48<BR>&nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 48<BR>&nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 48<BR>&nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-005<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = TRUE<BR>&nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<BR>&nbsp;&nbsp; bUncStart&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

 = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<BR>&nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<BR>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&nbsp; compress (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&n

 bsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={0.00000e+000, 0.00000e+000, 0.00000e+000}<BR>&nbsp;&nbsp; bSimAnn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = TRUE<BR>&nbsp;&nbsp; zero_temp_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<BR>&nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<BR>&nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nb

 sp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; fudgeQQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>&nbsp;&nbsp; free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>&nbsp;&nbsp; init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<BR>&nbsp;&nbsp; delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<BR>&nbsp;&nbsp; disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp

 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<BR>&nbsp;&nbsp; em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>&nbsp;&nbsp; niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<BR>&nbsp;&nbsp; fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbs

 p;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>&nbsp;&nbsp; ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<BR>&nbsp;&nbsp; shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0001<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<BR>&nbsp;&nbsp; bd_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 600<BR>&nbsp;&nbsp; bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 41063.2<BR>&nbsp;&nbsp; ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993<BR>&nbsp;&nbsp; cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&n

 bsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>grpopts:<BR>&nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1274.77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32214.2<BR>&nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nb

 sp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>&nbsp;&nbsp; energygrp_excl[&nbsp; 0]: 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-x:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-xt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-y:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n

  = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-yt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-z:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; efield-zt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>CPU=&nbsp; 0, lastcg= 5896, targetcg= 2948, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>nsb-&gt;shift =&nbsp;&nbsp; 1, nsb-&gt;bshift=&nbsp; 0<BR>Neighbor Search Blocks<BR>nsb-&gt;nodeid:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>nsb-&gt;nnodes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>nsb-&gt;cgtotal:&nbsp; 5897<BR>nsb-&gt;natoms:&nbsp; 17023<BR>nsb-&gt;shift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>nsb-&gt;bshift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>Nodeid&nbsp;&nbsp; index&nbsp; homenr&nbsp; cgload&nbsp; workload<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 17023&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5897&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5897</P>

<P>Max number of bonds per atom is 4<BR>Table routines are used for coulomb: TRUE<BR>Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<BR>Using a Gaussian width (1/beta) of 0.288146 nm for Ewald<BR>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 0.9&nbsp;&nbsp; Coulomb: 0.9&nbsp;&nbsp; LJ: 0.9<BR>Generated table with 500 data points for COUL.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for LJ6.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for LJ12.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 750 data points for Ewald.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 750 data points for LJ6.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 750 data points for LJ12.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Going to determine what solvent types we have.<BR>There are 5371 molecules, 5897 charge groups and 17023 atoms<BR>There are 0 optimized solvent molecules on node 0<BR>There are 5370 optimized water molecules on node 0<BR>Will do PME 

 sum in reciprocal space.</P>

<P>++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<BR>U. Essman, L. Perela, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen <BR>{A smooth particle mesh Ewald method<BR>J. Chem. Phys. 103 (1995) pp. 8577-8592<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</P>

<P>Using the FFTW library (Fastest Fourier Transform in the West)<BR>Center of mass motion removal mode is Angular<BR>We have the following groups for center of mass motion removal:<BR>&nbsp; 0:&nbsp; rest, initial mass: 2.79603e+006<BR>There are: 17023 Atom<BR>Removing pbc first time<BR>Done rmpbc</P>

<P>Constraining the starting coordinates (step -2)</P>

<P>++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<BR>S. Miyamoto and P. A. Kollman<BR>SETTLE: An Analytical Version of the SHAKE and RATTLE Algorithms for Rigid<BR>Water Models<BR>J. Comp. Chem. 13 (1992) pp. 952-962<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</P>

<P><BR>++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++<BR>B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije<BR>LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations<BR>J. Comp. Chem. 18 (1997) pp. 1463-1472<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</P>

<P><BR>Initializing LINear Constraint Solver<BR>&nbsp; number of constraints is 923<BR>&nbsp; average number of constraints coupled to one constraint is 2.9</P>

<P>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.009653&nbsp;&nbsp;&nbsp; 781&nbsp;&nbsp;&nbsp; 782&nbsp;&nbsp; 0.003166<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000082&nbsp;&nbsp;&nbsp; 712&nbsp;&nbsp;&nbsp; 713&nbsp;&nbsp; 0.000012</P>

<P>Going to use C-settle (5370 waters)<BR>wo = 0.333333, wh =0.333333, wohh = 492.758, rc = 0.081665, ra = 0.0384756<BR>rb = 0.0192378, rc2 = 0.16333, rone = 1, dHH = 0.16333, dOH = 0.1</P>

<P>Constraining the coordinates at t0-dt (step -1)<BR>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.012124&nbsp;&nbsp;&nbsp; 597&nbsp;&nbsp;&nbsp; 599&nbsp;&nbsp; 0.001483<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000887&nbsp;&nbsp;&nbsp; 591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 593&nbsp;&nbsp; 0.000160</P>

<P>Started mdrun on node 0 Thu Sep 23 01:03:05 2004<BR>Initial temperature: 27559.8 K<BR>Grid: 12 x 12 x 12 cells</P>

<P>Testing x86 processor CPUID...</P>

<P>Testing x86 SSE capabilities...<BR>CPU and OS support SSE.<BR>Using Gromacs SSE single precision assembly innerloops.</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Annealing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00000</P>

<P>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.041915&nbsp;&nbsp;&nbsp; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp; 332&nbsp;&nbsp; 0.008390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000271&nbsp;&nbsp;&nbsp; 494&nbsp;&nbsp;&nbsp; 495&nbsp;&nbsp; 0.000042</P>

<P>Fatal error: Determinant = 3401282536675688800000.000000</P>

<P>&nbsp;</P>

<P>md.mdp</P>

<P>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 649R1_bd <BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; C:/Programmi/GROMACS/bin/cpp.exe <BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; bd<BR>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.0<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.004&nbsp;; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 25000&nbsp;; total 100 ps.<BR>comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Angular<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&n

 bsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100 <BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<B

 R>fourier_ny&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 6<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;=&nbsp; yes<BR>; Freeze groups<BR>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; backbone<BR>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Y Y Y<BR>; Berendsen temperature coupling is on in three groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;0.1<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp; <BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 600&nbsp;600&nbsp;&nbsp; <BR>; Pressure coupling is on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp

 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is on at 600 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 600.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<BR>; Langevin Dynamics<BR>bd_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 600<BR>bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 41063.164<BR>ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&

 nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1993<BR>; Simulated Annealing<BR>annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<BR>zero_temp_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS = <BR>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded = <BR>energygrp_excl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </P>

<P>&nbsp;</P>

<P>&nbsp;</P>

<P><BR>&nbsp;</P>

<DIV><FONT face="Lucida Handwriting, Cursive"></FONT>&nbsp;</DIV></div><br clear=all><hr>Filtri antispamming e antivirus per la tua  <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2755??PS=47575">casella di posta</a> </html>