<DIV>Hello,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have calculated a 10 ns trajectory of a small protein dissolved in SPC water. Now I am interested in all the hydrogen bonds between the different residues inside the protein. I have tried to use g_hbond to calculate this, but I am only able to calculate the number of hydrogen bonds. </DIV>
<DIV>If I use the contact map option -hbm I get a segmentation fault. If&nbsp;I try to print the hydrogen bond triplets in an index file, it writes only the possible&nbsp;donors and acceptors, but not the actual donor-acceptor pairs formed in the system. I used Gromacs version 3.2.1.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Does anybody know another way to map the hydrogen bonds formed within the protein? Does anybody know&nbsp;or has suggestions why the&nbsp;two methods I tried do not work?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks in advance,</DIV>
<DIV>Maarten Wolf&nbsp;</DIV><p>
                <hr size=1> <font size="2" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><a href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=21626/*http://uk.messenger.yahoo.com"><strong><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">ALL-NEW 
Yahoo! Messenger</font></strong></a><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><strong> 
- all new features - even more fun!</strong></font><strong><font color="#FF9900"> 
</font></strong></font>