<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

<br>

<br>

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> wrote:<br>

<blockquote type="cite"  cite="mid1096729722.9320.33.camel@h32n2fls34o1123.telia.com">

  <pre wrap="">On Sat, 2004-10-02 at 16:48, Hector Mrz-Seara Monne wrote:

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <blockquote type="cite">

      <blockquote type="cite">

        <pre wrap="">    

        </pre>

      </blockquote>

      <pre wrap="">OK that looks fine. Have you verified (md.log file) that these settings

have been incorporated in the tpr file?

      </pre>

    </blockquote>

    <pre wrap="">It seems that every thing is ok

    </pre>

    <blockquote type="cite">

      <pre wrap="">Have you tried visualising the trajectory?

      </pre>

    </blockquote>

    <pre wrap="">Every thing seems normal if you make a overall view. But after

checking one by one all the monomers one of them seem to kill

itself.The main part of the sistem is very rigid with many impropials

defined along it, benzene-N=N-benzene ( it must be all in a plane). I

notice when I was trying to parametrice the molecule that if I try to

keep it complete plane whit impropial then the structure crash in a

dyanmic, It seems like the molecule enter in a kind of resonance

effect that finish with unnatural bond legth and angles and the

crashing of the system. I pass through this problem changing some

impropials for propials with a loose in the planarity. It seems that

this fenomenom is crashing my system again. Have you any suggestion?

Thank you.

    </pre>

  </blockquote>

  <pre wrap=""><!---->

Try equilibrating at lower temperature and/or with a shorter time step.

In particular since you describe this resonance thing. Could it be that

your force constants are too high? You should have roughly 20 time steps

in a complete period of the fastest motion.

  </pre>

</blockquote>

Thanks in advance for all your help, it's been quite useful for me in order

to increase my knowledge on this suite.<br>

I've been thinking in the last suggestion and I'm not sure about the meaning.

As I understand if I use high constants <br>

for defining my proper dihedrals I have to reduce my time steep that actually

is quite small 1fs only or work at lower temperature.<br>

Here the *.itp file of the monomer contain this lines that I have specifically

modify to have a planarity system.<br>

<br>

.....<br>

&nbsp;[ dihedrals ]<br>

&nbsp;;ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1 m&nbsp; c0&nbsp;&nbsp; c1 m<br>

&nbsp; 9&nbsp; &nbsp; 12&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; &nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBA&nbsp; CAD&nbsp; CAE&nbsp;

CAU<br>

&nbsp; 14&nbsp; 15&nbsp; 13&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBB&nbsp; NAV&nbsp; CAF&nbsp;

CAG<br>

&nbsp; 17&nbsp; 16&nbsp; 20&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBC&nbsp; NAW&nbsp; CAH&nbsp;

CAI<br>

&nbsp; 22&nbsp; 23&nbsp; 21&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBD&nbsp; OAY&nbsp; CAJ&nbsp;

CAK<br>

&nbsp; 27&nbsp; 26&nbsp; 29&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAZ&nbsp; CAT&nbsp; OAX&nbsp;

OAC<br>

&nbsp; 17&nbsp; 18&nbsp; 19&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBC&nbsp; CAI&nbsp; CAK&nbsp;

CBD<br>

&nbsp; 18&nbsp; 19&nbsp; 22&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp; CAK&nbsp; CBD&nbsp;

CAJ<br>

&nbsp; 19&nbsp; 22&nbsp; 21&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAK&nbsp; CBD&nbsp; CAJ&nbsp;

CAH<br>

&nbsp; 22&nbsp; 21&nbsp; 20&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBD&nbsp; CAJ&nbsp; CAH&nbsp;

CBC<br>

&nbsp; 21&nbsp; 20&nbsp; 17&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp; CAH&nbsp; CBC&nbsp;

CAI<br>

&nbsp; 20&nbsp; 17&nbsp; 18&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp; CBC&nbsp; CAI&nbsp;

CAK<br>

&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; &nbsp;10&nbsp; 11&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBA&nbsp; CAE&nbsp; CAG&nbsp;

CBB<br>

&nbsp; 10&nbsp; 11&nbsp; 14&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp; CAG&nbsp; CBB&nbsp;

CAF<br>

&nbsp; 11&nbsp; 14&nbsp; 13&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp; CBB&nbsp; CAF&nbsp;

CAD<br>

&nbsp; 14&nbsp; 13&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; &nbsp;2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBB&nbsp; CAF&nbsp; CAD&nbsp;

CBA<br>

&nbsp; 14&nbsp; 15&nbsp; 17&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CBB&nbsp; NAV&nbsp; CBC&nbsp;

NAW<br>

&nbsp; 13&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 9 &nbsp; 10&nbsp; &nbsp;2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp; CAD&nbsp; CBA&nbsp;

CAE<br>

&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 10&nbsp; &nbsp;11&nbsp; &nbsp;2&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp;&nbsp; 0.0 1673.6 0 ; IDI&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; CBA&nbsp; CAE&nbsp;

CAG<br>

&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; &nbsp;3&nbsp;&nbsp; &nbsp;2 &nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 5.9 3&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;5.9 3 ; DI&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAN&nbsp;

CAM&nbsp; CAL&nbsp; CAA<br>

.....<br>

&nbsp; 11&nbsp; 14&nbsp; 15&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 1 180.0&nbsp;&nbsp; 53.5 2 180.0&nbsp;&nbsp; 33.5 2 ; DI&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp; CBB&nbsp; NAV&nbsp;

NAW *<br>

&nbsp; 15&nbsp; 16&nbsp; 17&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 1 180.0&nbsp;&nbsp; 53.5 2 180.0&nbsp;&nbsp; 33.5 2 ; DI&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAV&nbsp; NAW&nbsp; CBC&nbsp;

CAH *<br>

.....<br>

&nbsp; 25&nbsp; 26&nbsp; 27&nbsp; 29&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.4 6&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.4 6 ; DI&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAR&nbsp; CAT&nbsp;

CAZ&nbsp; OAX<br>

&nbsp; 26&nbsp; 27&nbsp; 29&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 1 180.0&nbsp;&nbsp; 16.7 2 180.0&nbsp;&nbsp; 16.7 2 ; DI&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAT&nbsp; CAZ&nbsp; OAX&nbsp;

HE2 &nbsp;*<br>

<br>

Do you know if your advise works equally for both proper and improper dihedrals?&nbsp;

If not can you tell me the diference?<br>

I think for your coment that the dihedral with the asterisk that are the

problematic? witch time step will you use, or do you know any <br>

way to avoid the restriction that my system contain?<br>

<br>

Thank you very much for taking your time to answer me, David. If you think

you need any other information or that is not clear what<br>

&nbsp;I'm asking for just tell me and I can send you any indormation or foles

that you thing could be usefull to solve my actual problems<br>

&nbsp; <br>

</body>

</html>