<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

<br>

<br>

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> wrote:<br>

<blockquote type="cite"  cite="mid1096719172.8598.12.camel@h32n2fls34o1123.telia.com">

  <pre wrap="">On Sat, 2004-10-02 at 13:39, Hector Mrz-Seara Monne wrote:

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">Hello All,

Maybe the question that follow has been posted before but I wasn't

able to find it, then if anyone knows where just told me. My problem

is that my monolayer system is working well, but after a 1.7 ns of

dynamics with a step 1fs I get the following error:

    </pre>

  </blockquote>

  <pre wrap=""><!---->Have you stopped the center of mass motion? Sometimes it ahs to be done

per group (e.g. monolayer and water).</pre>

</blockquote>

This simulation was made in vacuum. Only de monomer here is the *.top file:<br>

<br>

#include "ffgmx.itp"<br>

#include "azo_neutral.itp"<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

[ system ]<br>

Neutral monomer Azobenzenos<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

[ molecules ]<br>

DRG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 225<br>

<br>

<br>

<br>

And the part corresponding to the removal of the translation of CM in the

dyn.mdp is the following:<br>

<br>

; mode for center of mass motion removal<br>

comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>

; number of steps for center of mass motion removal<br>

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

; group(s) for center of mass motion removal<br>

comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<blockquote type="cite"  cite="mid1096719172.8598.12.camel@h32n2fls34o1123.telia.com">

  <pre wrap="">

Also your temperature is 450 K. Do you have T coupling turned on?</pre>

</blockquote>

I think that something is not working well since in the bath is set to 300

K, in fact I have not notice that before posting my report, as follow in

the dyn.mdp:<br>

<br>

; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>

; Temperature coupling<br>

Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>

; Groups to couple separately<br>

tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>

; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>

ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>

; Pressure coupling<br>

Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>

; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>

compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>

ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>

; Random seed for Andersen thermostat<br>

andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

Have you any sugestion? Thank you David<br>

<blockquote type="cite"  cite="mid1096719172.8598.12.camel@h32n2fls34o1123.telia.com">

  <pre wrap="">

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">       Step           Time         Lambda

        1731000     1731.00012        0.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond          Angle    Proper Dih.  Improper Dih.         

LJ-14

    3.07715e+04    6.36605e+03    2.02562e+03    1.27192e+03   

2.39194e+04

     Coulomb-14        LJ (SR)        LJ (LR)  Disper. corr.   Coulomb

(SR)

   -4.35088e+03   -4.18427e+04   -3.79469e+03   -2.96826e+02  

-1.61672e+04

   Coulomb (LR)      Potential    Kinetic En.   Total Energy   

Temperature

    3.08142e+02   -1.78960e+03    3.78781e+04    3.60885e+04   

4.50009e+02

 Pressure (bar)

   -4.24753e+02

Large VCM(group rest):      0.00172,     -0.00977,     -0.00129,

ekin-cm:  4.46633e+00

Large VCM(group rest):      0.00213,     -0.00449,      0.00016,

ekin-cm:  1.10213e+00

Large VCM(group rest):      0.00437,     -0.00540,     -0.00333,

ekin-cm:  2.64588e+00

There were 90 inconsistent shifts. Check your topology

Large VCM(group rest):      0.00420,     -0.00470,     -0.00106,

ekin-cm:  1.82364e+00

There is anyone that with that information have any idea of what is

going on. I'm sorry but I can't understand this message. Check what of

the topology file. My topology file was made by PRODRG and extended by

me manually, The system are 255 monomers of 

8C's-benzene-N=N-benzene-O-3C's-COOH monom in vacum. If you need

anything else just tell me. 

Thanks in advance.

Hector Mart&iacute;nez-Seara Monn&eacute; 

Universidad Barcelona 

Dpt. Qu&iacute;mica-F&iacute;sica 

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    </pre>

  </blockquote>

</blockquote>

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