
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

      

<div><font face="Arial" size="2">Hello All,<br>

<br>

Maybe the question that follow has been posted before but I wasn't able to

find it, then if anyone knows where just told me. My problem is that my monolayer

system is working well, but after a 1.7 ns of dynamics with a step 1fs I

get the following error:<br>

<br>

</font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1731000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1731.00012&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.07715e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.36605e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.02562e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.27192e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.39194e+04<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)<br>

&nbsp;&nbsp; -4.35088e+03&nbsp;&nbsp; -4.18427e+04&nbsp;&nbsp; -3.79469e+03&nbsp;&nbsp; -2.96826e+02&nbsp;&nbsp; -1.61672e+04<br>

&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.08142e+02&nbsp;&nbsp; -1.78960e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.78781e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.60885e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.50009e+02<br>

&nbsp;Pressure (bar)<br>

&nbsp;&nbsp; -4.24753e+02<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00172,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00977,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00129, ekin-cm:&nbsp;

4.46633e+00<br>

Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00213,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00449,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00016, ekin-cm:&nbsp;

1.10213e+00<br>

Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00437,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00540,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00333, ekin-cm:&nbsp;

2.64588e+00<br>

There were 90 inconsistent shifts. Check your topology<br>

Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00420,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00470,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00106, ekin-cm:&nbsp;

1.82364e+00<br>

<br>

There is anyone that with that information have any idea of what is going

on. I'm sorry but I can't understand this message. Check what of the topology

file. My topology file was made by PRODRG and extended by me manually, The

system are 255 monomers of&nbsp; 8C's-benzene-N=N-benzene-O-3C's-COOH monom in

vacum. If you need anything else just tell me. <br>

<br>

Thanks in advance.<br>

<br>

Hector Mart&iacute;nez-Seara Monn&eacute; <br>

 <br>

Universidad Barcelona <br>

Dpt. Qu&iacute;mica-F&iacute;sica <br>

&nbsp;<br>

<br>

</div>

</body>

</html>