
<html>

<blockquote type=cite class=cite cite>[ atoms

]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; GDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O2B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.941&nbsp;&nbsp;

15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; GDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1.334&nbsp;&nbsp;&nbsp;

30.9738&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; GDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O3B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.975&nbsp;&nbsp;

15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; GDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O1B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -1.043&nbsp;&nbsp;

15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; GDP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O3A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; -0.482&nbsp;&nbsp;

15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

........&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br>

What does column 'cgnr'(in topology file)

mean?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

How should I assign the number for

'cgnr'?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </blockquote><br>

Charge Group NumbeR<br><br>

All atoms within the same charge group have the same number.&nbsp; In the

example above it looks like it is the PO3 grouped together ....<br><br>

Catch ya,<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

<b>Dr. Dallas Warren<br>

</b><i>Research Fellow<br>

</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>

Victorian College of Pharmacy, Monash University<br>

381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>

<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>

</u></font>+61 3 9903 9083<br>

<font face="Times New Roman, Times">--------------------------------------------------------------------------<br>

<i>When the only tool you own is a hammer, every problem begins to

resemble a nail.</font></i></html>