<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2523" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
style="mso-ansi-language: PL"><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Hi 
all!<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" 
/><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman">I just started learning gromacs.<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>I need to simulate a GPCR in a lipid 
membrane.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>I did all the examples at your site, but 
still<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>have a 
problem:</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>At first I want to try simulating rhodopsin in a 
membrane.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>- I have<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>one pdb file with rhodopsin and some 
lipids and water after a MD simulation in NAMD (so all the coordinates are 
there) (I want to try it as a example) <SPAN 
style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 36pt; TEXT-INDENT: -18pt; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 36.0pt"><FONT 
face="Times New Roman"><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>-</FONT><SPAN 
style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></SPAN><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>I did the topology file and 
coordinate file for the protein separately.</FONT></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 36pt; TEXT-INDENT: -18pt; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 36.0pt"><FONT 
face="Times New Roman"><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>-</FONT><SPAN 
style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></SPAN><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>I did the topology file for<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>one<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>lipid separately and every thing seems 
fine. (prodrg)</FONT></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal 
style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 36pt; TEXT-INDENT: -18pt; mso-list: l0 level1 lfo1; tab-stops: list 36.0pt"><FONT 
face="Times New Roman"><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>-</FONT><SPAN 
style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></SPAN><SPAN lang=EN-US><FONT size=3>I did coordinate file for one lipid 
separately. (prodrg)</FONT></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>My question is:</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>How can I combine protein and lipids and generate 
one *.gro<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>(coordinate file) for my 
whole system. </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>How can I use my pdb file where I got all the 
coordinates for the system.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>Should I treat every lipid as a separate molecule 
or as a solvent.</FONT></SPAN></P><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: PL; mso-bidi-language: AR-SA">I 
would appreciate if you could give me some suggestions what should&nbsp; I do 
next.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Thank you in advance. 
</SPAN></FONT></DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>