<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2523" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>Thank you for reply.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>But in my case I don&#8217;t need to make a hole in the 
lipid bilayer, I have all the coordinates in he pdb file. (in this pdb file 
protein and lipids are in proper place).<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; 
</SPAN>Maybe is there other way to do it.<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>I wonder how can I mix coordinate 
files for lipids from prodrg with coordinate file for protein generated using 
pdb2gmx to make one coordinate file for the whole system. </FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman">Let say I would like to simulate membrane 
protein with only two lipid molecules, how can do this.<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>If anyone knows the procedure for it 
please let me know.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Thank you in 
advance.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 
face="Times New Roman" size=3>MIKE </FONT></SPAN></P><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: PL; mso-bidi-language: AR-SA"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN></SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR><FONT face="Times New Roman" size=3>hi<BR><BR>&gt; Hi 
all!<BR>&gt;<BR>&gt; I just started learning gromacs.&nbsp; I need to simulate a 
GPCR in a lipid<BR>&gt; membrane.<BR>&gt;<BR>&gt; I did all the examples at your 
site, but still&nbsp; have a problem:<BR>&gt;<BR>&gt; At first I want to try 
simulating rhodopsin in a 
membrane.<BR>&gt;<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; - I have&nbsp; one 
pdb file with rhodopsin and some lipids and water<BR>&gt; after a MD simulation 
in NAMD (so all the coordinates are there) (I<BR>&gt; want to try it as a 
example)<BR>&gt;<BR>&gt; -&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I did 
the topology file and coordinate file for the protein<BR>&gt; 
separately.<BR>&gt;<BR>&gt; -&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I 
did the topology file for&nbsp; one&nbsp; lipid separately and every<BR>&gt; 
thing seems fine. (prodrg)<BR>&gt;<BR>&gt; 
-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I did coordinate file for one 
lipid separately. (prodrg)<BR>&gt;<BR>&gt; My question is:<BR>&gt;<BR>&gt; How 
can I combine protein and lipids and generate one *.gro&nbsp; 
(coordinate<BR>&gt; file) for my whole system.<BR>&gt;<BR>&gt; How can I use my 
pdb file where I got all the coordinates for the system.<BR>&gt;<BR>&gt; Should 
I treat every lipid as a separate molecule or as a solvent.<BR>&gt;<BR>&gt; I 
would appreciate if you could give me some suggestions what should&nbsp; I 
do<BR>&gt; next.&nbsp; Thank you in advance.<BR><BR>i think you are searching 
for this<BR><BR>&nbsp;mdrun modified to make a hole in a lipid bilayer<BR>A 
modified version of mdrun that can be used to make a hole in a lipid<BR>bilayer 
that is the right shape to drop in the membrane protein of your<BR>choice. It 
does this by reading a molecular surface file made by Grasp or<BR>MSMS. It can 
also make a cylindrical hole. Tar file contains<BR>documentation.<BR>Uploaded 
15:19 October 15, 2002 by Graham R. Smith (</FONT><A href=""><FONT 
face="Times New Roman" size=3>smithgr@cancer.org.uk</FONT></A><FONT 
face="Times New Roman" size=3>)<BR>File: mdrun_make_hole.tar.gz (56919 
bytes)<BR><BR><BR>which can be found on </FONT><A href=""><FONT 
face="Times New Roman" 
size=3>http://www.gromacs.org/contributions/index.php</FONT></A><BR><BR><FONT 
face="Times New Roman" 
size=3>Greetings,<BR><BR>Florian</FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>