<DIV>Hi, </DIV>
<DIV>I have a question about ions. I don't know what is better. I want to run a DM simulation with a Hydrolase wich has a Zn+ in the active site. actually I have built the topology file and when I try to run mdrun&nbsp;in MD, there is a problem about pbc: The software cant fix it, so I think is because I haven't determined about the group of the Zn, by the way, when I built the topology I used the all protein (protein+Zn) and I have never use the " ions.itp".</DIV>
<DIV>Could anybody give me the answer?</DIV>
<DIV>Thank you very much</DIV>
<DIV>Cesar</DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com