<P>
&nbsp; <BR>
<BR>
Dear Gromacs users,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I installed gromacs 3.1 and working on a protein having 247 amino acids ,ATP and Mg++. I could generate waterbox by using genbox command. When i tried &quot;grompp&quot; command to get &quot;xxx.tpr&quot; to use with &quot;genion&quot; command,it is showing following error. <BR>
<BR>
<BR>
calling /lib/cpp...<BR>
sh: /lib/cpp: No such file or directory<BR>
cpp exit code: 32512<BR>
Tried to execute: '/lib/cpp&nbsp; -I/usr/local/share/gromacs/top -DFLEX_SPC nbd.top &gt; gromppAXEl1v'<BR>
The '/lib/cpp' command is defined in the .mdp file<BR>
processing topology...<BR>
processing coordinates...<BR>
Fatal error: number of coordinates in coordinate file (box.pdb, 24489)<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  does not match topology (nbd.top, 0)<BR>
<BR>
I checked the number of coordinates in &quot;box.pdb&quot; and &quot;nbd.top&quot; and they are verymuch same.<BR>
<BR>
 &quot;grompp&quot; seems to be not processing nbd.top. <BR>
<BR>
Kindly suggest me a solution. your suggestion will help me greatly.<BR>
<BR>
Many thanks in advance<BR>
<BR>
prasad.<BR>
<BR>

</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>