
<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>Dear list,</DIV>

<DIV class=RTE>I've performed two MD on the same pdb file and with the same mdp files,</DIV>

<DIV class=RTE>but when I perform the ED analysis on the concateneted trajectory I find difference along the first eigenvector for the two separate&nbsp;trajectories:</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>-trajectory 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-trajectory 2</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;averages projection (1st eigenvec)=0.908 nm&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;averages projection (1st eigenvec)=- 0.906 nm</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;rmsf (1st eigenvec) = 0.031&nbsp;nm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsf (1st eigenvec) = 0.017 nm</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>I know that two&nbsp;MD simulations&nbsp;on the same sistem difficultly are the same, but what do you think about the extent of the differences?</DIV>

<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>

<DIV class=RTE>Thanks in advance,</DIV>

<DIV class=RTE>Vincenzo</DIV></div><br clear=all><hr>Ricerche online più semplici e veloci con  <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2737??PS=47575" target="_top">MSN Toolbar</a> !</html>