<DIV>Maybe you can try using VEGA, the software uses .gro files and can save them as mol2 format. If you want you can use MOL2MOL. It is othe software that use the sybilmol2 format.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Cesar<BR><BR><B><I>Marc Baaden &lt;baaden@smplinux.de&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid"><BR>Hi,<BR><BR>I would like to convert part of a simulation system (ATP to be exact)<BR>to the mol2 format to be able to feed it into another program requiring<BR>that input format.<BR><BR>I have seen that there was a feed on the mailing list about eventual mol2<BR>support, but it is not quite clear to me whether anybody has given it a<BR>try.<BR><BR>So what I'm asking for is whether there is any "working" pipeline to get<BR>from a gromacs system (eg PDB, GRO, ITP..) to a corresponding mol2 format.<BR>I have tried babel, which produces some mol2 file - in a black box way -<BR>which is not properly recognised by the program I want to work with.<BR>So I guess what I'd need is to be able to tell the converter some atom type<BR>correspondences.<BR><BR>Thanks in advance for any hints,<BR>Marc Baaden<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing
 list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR></BLOCKQUOTE><p>
                <hr size=1>Do you Yahoo!?<br> 
Read only the mail you want - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/spamguard/*http://promotions.yahoo.com/new_mail/static/protection.html">Yahoo! Mail SpamGuard</a>.