<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2523" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT size=2>
<DIV><FONT size=2>Hi,everyone.</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I'm sorry to post this mail again, but it really 
disturbed me and I haven't found a solution in the previous post.</DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am a newbie&nbsp;to gromacs and&nbsp;have 
used NAMD for some time. I think maybe Gromacs can do something NAMD can't, So I 
came into your area.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have compiled single precision versions 
of fftw and gromacs with icc. The Cflags used were "<SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: red; FONT-FAMILY: ËÎÌå; mso-bidi-font-family: ËÎÌå; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA">-O3 
¨Cip ¨Cunroll -xN</SPAN>". Now the first problem bothered me was the parallel 
performance of Gromacs.&nbsp;It&nbsp;was unreasonable&nbsp;on&nbsp;a&nbsp;Xeon 
2.4&nbsp;cluster made by myself. The OS was Rocks 3.2.0 based on RedHat 3.0EL, 
network was 1000Mbit ethernet. Hyperthreading was on and it was about 10%-20% 
faster than off while running namd.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; The option&nbsp;used&nbsp;like 
this:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp -f grompp.mdp -c conf.gro -p 
topol.top -po mdout.mdp -np $NSLOTS -shuffle -sort<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mpirun 
-np $NSLOTS -machinefile $nodefile mdrun -s topol.tpr -o traj.trr -c confout.gro 
-e ener.edr -g md.log</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>benchmarks:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Villin:</FONT><FONT 
size=2><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CPUs&nbsp;&nbsp; 
(Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops) (ps/NODE hour) (NODE 
hour/ns)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45.429&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.424&nbsp;&nbsp;&nbsp; 345.125&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.897</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
4:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46.467&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.458&nbsp;&nbsp;&nbsp; 352.941&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.833</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.621&nbsp;&nbsp;&nbsp; 929.329&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
225.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.444</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; DPPC:</FONT><FONT 
size=2><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CPUs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
(Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops) (ps/NODE hour) (NODE hour/ns)</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
18.722&nbsp;&nbsp;&nbsp; 675.081&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
5.781&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
172.968<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.195&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.221&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97.833</FONT></DIV>
<DIV><FONT 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
42.312&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.528&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
13.072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76.500<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Considering 
Hyperthreading was on, while CPUs was 4, actually it was 2.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; The performance was far away from the 
benchmark on website of Gromacs, and&nbsp;almost as same as a previous&nbsp;post 
describing: &nbsp;<A 
href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-June/011028.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2004-June/011028.html</A>. 
but I haven't seen his solution.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; What's the problem? How cloud I do? Maybe I 
should close hyperthreading or recompile Gromacs or other thing?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Please help me. </FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks a lot.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>Wenyu Zhong</DIV></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>