<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
This means that you do not have the same number of atoms (molecules) in
your top file as in your gro file. actually there are no atoms in the
top-file. Open them in a text editor and try to see whats wrong.<br>
<br>
cheers<br>
peter<br>
<br>
Bo Yang wrote:<br>
<blockquote cite="mid20041201003429.10990.qmail@web53707.mail.yahoo.com"
 type="cite">
  <pre wrap="">Hello,Gromacs:

I try to run the energy minimixzation with my protein
model. I generated the coordinate files using pdb2gmx
by chosing '0' force filed, and solvated it using
'editconf' (-d 0.5) and 'genbox'. When I try to run
'grompp', it complains:

----
processing topology...
processing coordinates...
Fatal error: number of coordinates in coordinate file
(n62.gro, 17981)

does not match topology (n62.top, 0)
----

I checked the mail list. Some one had similar problem.
But I can't find the answer for it. I am a new user of
Gromacs. I don't understand the problem presenting
here. Since the .top and .gro files are generated from
the same .pdb file. Why they don't have the same
coordinates numbers. Could any one give me some
suggestions? 

Thank you for your help!

Bo


                
__________________________________ 
Do you Yahoo!? 
Meet the all-new My Yahoo! - Try it today! 
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://my.yahoo.com">http://my.yahoo.com</a> 
 
  </pre>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</pre>
</blockquote>
</body>
</html>