<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=ISO-8859-1">

  <title></title>

</head>

<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

Relating to the same topic - are 64bit processors really superior when

running GMX, especially considering their higher price and slower clock

speed relative to the conventional 32bit processors?<br>

<br>

David van der Spoel wrote:<br>

<blockquote type="cite" cite="mid1101983632.19325.16.camel@vangogh">

  <pre wrap="">On Thu, 2004-12-02 at 10:57 +0200, Kay Gottschalk wrote:

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">Hi guys,

I got ~15.000 Euro to buy a Cluster for Gromacs. Perhaps I can increase 

it to 20.000 E, but that would be a stretch. What do you think would be 

the best options? From the benchmark page it looks as if Athlon 64 is 

the processor of choice. What other components would you recommend?

Thanks for your help!

    </pre>

  </blockquote>

  <pre wrap=""><!---->It depends on whether or not you want to do many short simulations or a

few big ones. In the first case single processor nodes will be fine,

otherwise you want more processors per box. Dual nodes probably offer

best price/performance, but I just ordered some Quad boxes for exactly

these very big and/or long simulations. 

You should also consider what OS you want to run, and get stuff that is

supported. We are using rocks (<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.rocksclusters.org">www.rocksclusters.org</a>) which does not

have very good support for e.g. SATA disks.

  </pre>

</blockquote>

<br>

<pre class="moz-signature" cols="72">-- 

------------------------------------------------------

Ran Friedman

Laser Laboratory for Fast Reactions in Biology

Department of Biochemistry

Faculty of Life Sciences

Tel-Aviv University

Tel. +972-3-6409824

Fax. +972-3-6409875

------------------------------------------------------

</pre>

</body>

</html>