<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1479" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am a new user of GROMACS. I am trying to&nbsp;run 
MD simulation of one of the proteins. I followed the "getting started" 
tutorial.&nbsp;My question is about&nbsp;minimization of my system in solvent. 
According to the tutorial the minimization should be finished when either the 
minimization has converged or a fixed number of steps has been performed. In my 
case the minimization has converged before it reached the fixed number of steps. 
But the potential energy after minimization&nbsp;IS NOT&nbsp;lower than 
potential energy calculated by formula: -42(kJ/mole)xN (N is a number of SPC 
water molecules). What is the problem?&nbsp;How can I fix it? The 
same&nbsp;problem I had for Ribonuclease S-peptide&nbsp;given in 
tutorial.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>My second question is about short and full MD run. 
According to the tutorial to generate the input for the position restrained 
mdrun we have the following command:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>grompp -f pr -o pr -c after_em -r after_em -p 
speptide</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>for full md to do the same thing we have the 
following command:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>grompp -v -f full -o full -c after_pr -p 
speptide</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>We can see that&nbsp;full MD is quite similar to 
the restrained MD, but there is a difference which makes impossible to run full 
MD without restrained MD. In full MD we have "-c after_pr" which is an input 
file and "after_pr" can be obtained from short MD run. Is it correct that we 
can't run full MD run without short MD or is there any other way to&nbsp;run 
directly full MD (for example, use the same files for full MD as used for short 
MD)?</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I look forward to hearing your reply,</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>With best wishes,</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Gia 
Maisuradze</FONT>&nbsp;&nbsp;</DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>