hi <br><br>When i was looking for &quot;rtp data&quot; of glucose in the ffG43b1.rtp. it seemed to have one.but i find that the number of O atom is not right as it should be six yet five in the file. otherwise, i was also confused to the atom type &quot;+N&quot; found<br>in [bonds] section and i couldn't find it in &quot;ffG43b1.atp&quot; and &quot;ffG43b1nb.itp&quot; file.<br>the &quot;rtp data&quot; of glucose in the ffG43b1.rtp showed as follow!<br> [ GLCA ]<br> [ atoms ]<br>   C1   CH1    0.400     0<br>   O5    OA   -0.360     0<br>   C5   CH1    0.160     0<br>   C6   CH2    0.150     1<br>   O6    OA   -0.548     1<br>   H6     H    0.398     1<br>   C2   CH1    0.150     2<br>   O2    OA   -0.548     2<br>   H2     H    0.398     2<br>   C3   CH1    0.150     3<br>   O3    OA   -0.548     3<br>   H3     H    0.398     3<br>   C4   CH1    0.160     4<br>   O4    OA   -0.360     4<br> [ bonds ]<br>   C1    O5    gb_19<br>   C1    C2    gb_25<br>   O5    C5    gb_19<br>   C5    C6    gb_25<br>   C5    C4    gb_25<br>   C6    O6    gb_19<br>   O6    H6    gb_1 <br>   C2    O2    gb_19<br>   C2    C3    gb_25<br>   O2    H2    gb_1 <br>   C3    O3    gb_19<br>   C3    C4    gb_25<br>   O3    H3    gb_1 <br>   C4    O4    gb_19<br>   O4    +N    gb_19<br> [ angles ]<br>;   ai    aj    ak  gromos type<br> NH3*    C1    O5    ga_8 <br> NH3*    C1    C2    ga_8 <br>   O5    C1    C2    ga_8 <br>   C1    O5    C5    ga_9 <br>   O5    C5    C6    ga_8 <br>   O5    C5    C4    ga_8 <br>   C6    C5    C4    ga_7 <br>   C5    C6    O6    ga_8 <br>   C6    O6    H6    ga_11<br>   C1    C2    O2    ga_8 <br>   C1    C2    C3    ga_7 <br>   O2    C2    C3    ga_8 <br>   C2    O2    H2    ga_11<br>   C2    C3    O3    ga_8 <br>   C2    C3    C4    ga_7 <br>   O3    C3    C4    ga_8 <br>   C3    O3    H3    ga_11<br>   C5    C4    C3    ga_7 <br>   C5    C4    O4    ga_8 <br>   C3    C4    O4    ga_8 <br>   C4    O4    +N    ga_9 <br> [ impropers ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>   C1    O5  NH3*    C2    gi_2 <br>   C5    O5    C6    C4    gi_2 <br>   C2    O2    C3    C1    gi_2 <br>   C3    O3    C2    C4    gi_2 <br>   C4    C3    O4    C5    gi_2 <br> [ dihedrals ]<br>;   ai    aj    ak    al  gromos type<br>   -C  NH3*    C1    C2    gd_14<br> NH3*    C1    C2    C3    gd_17<br> NH3*    C1    C2    C3    gd_7 <br>   O5    C1    C2    C3    gd_7 <br>   O5    C1    C2    O2    gd_8 <br> NH3*    C1    C2    O2    gd_8 <br>   C1    C2    O2    H2    gd_12<br>   C1    C2    C3    C4    gd_17<br>   C1    C2    C3    O3    gd_7 <br>   O2    C2    C3    C4    gd_7 <br>   O2    C2    C3    O3    gd_8 <br>   C2    C3    O3    H3    gd_12<br>   C2    C3    C4    C5    gd_17<br>   C2    C3    C4    O4    gd_7 <br>   O3    C3    C4    C5    gd_7 <br>   O3    C3    C4    O4    gd_8 <br>   C2    C1    O5    C5    gd_14<br>   C1    O5    C5    C4    gd_14<br>   C4    C5    C6    O6    gd_17<br>   C4    C5    C6    O6    gd_7 <br>   O5    C5    C6    O6    gd_8 <br>   C5    C6    O6    H6    gd_12<br>   C6    C5    C4    C3    gd_17<br>   O5    C5    C4    C3    gd_7 <br>   C6    C5    C4    O4    gd_7 <br>   O5    C5    C4    O4    gd_8 <br>   C3    C4    O4    +N    gd_14<br><br>Is that right? <br>Can somebody give an expaination?<br>thanks a lot<br><br><br><!-- sign --><br>Shanghai&nbsp;Institute&nbsp;of&nbsp;Organic&nbsp;Chemistry<br>Computational&nbsp;Chemistry&nbsp;Lab<br><br><!-- footer --><br><br><br>
<table width="100%" border="0" cellspacing="1" cellpadding="0"><tr><td height="1" bgcolor="#09448E"></td></tr></table>
<font style="font-size:14.8px">
<!--广告footer 开始-->
<!--广告footer 结束-->

<!--内部footer开始-->
<br>
·<a href="http://www.126.com" target="_blank"><font color=blue>网易126邮箱--中文邮箱第一品牌 1.5G空间,30兆附件 http://www.126.com >>></font></a> <img src="http://mail.163.com/favicon.ico" width=16 height=16 border=0>
<!--内部footer结束-->
</font>