<P>
&nbsp; <BR>
Hi!<BR>
<BR>
You might be working with an old version of gromacs.&nbsp; Install the new version and see. You may not get this error<BR>
<BR>
On Wed, 12 Jan 2005 Alan Wilter Sousa da Silva wrote :<BR>
&gt;<BR>
&gt;Despite what said (Do NOT use for new runs), I'm trying to do a MD with option 5 FF from pdb2gmx. Whatever I do I stop with a grompp error:<BR>
&gt;<BR>
&gt;Generated 1232 of the 1431 non-bonded parameter combinations<BR>
&gt;Cleaning up temporary file gromppnoq8ef<BR>
&gt;Fatal error: Atomtype 'K' not found!<BR>
&gt;<BR>
&gt;I would thank any advice here.<BR>
&gt;<BR>
&gt;Cheers,<BR>
&gt;Alan<BR>
&gt;<BR>
&gt;--------------------------<BR>
&gt;Alan Wilter Sousa da Silva<BR>
&gt;--------------------------<BR>
&gt;D.Sc. - IBCCF/UFRJ<BR>
&gt;Projeto BioPAUA - HP/LNCC<BR>
&gt;Petrópolis (RJ), Brasil<BR>
&gt;www.lncc.br/~alan<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list<BR>
&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt;www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>

</P>


Vema Aparna <br>
Prof. G.&nbsp;R. Desiraju's&nbsp;Group, <br>
School of&nbsp;Chemistry <br>
University of&nbsp;Hyderabad <br>
Hyderabad -&nbsp;500 046 <br>
INDIA<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>