<DIV>&nbsp;
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">Hy all, <?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">I trying to understand differences between two parametrization for the LJ parameters for the Fluor atom looking for the equilibrium distance and the energy at this point, using some atoms of interest in the system TFE-Water. <o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">I try to reproduce the parameters in ffG43a1nb.itp using the geometrical approach&nbsp; C12(i,j)=sqrt(C12(i,i)*C12(j,j). My surprise is that in the atom list we have:<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">[ atomtypes ]<BR>;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0022619536&nbsp; 7.4149321e-07<BR>&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0022619536&nbsp; 1.505529e-06</SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt"></SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0026173456&nbsp; 2.634129e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0024364096&nbsp; 1.692601e-06<BR>&nbsp;&nbsp; &nbsp;F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0011778624&nbsp; 7.6073284e-07<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">while <o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">[ nonbond_params ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12=sqrt(c12(i)*c12(j)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.0022619536&nbsp; 1.380375e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0565697e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0022619536&nbsp; 2.258907e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.0024331696&nbsp;
 1.825875e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3975653e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0024331696&nbsp; 2.987943e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; 1&nbsp; 0.0024331696&nbsp; 1.991421e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.991421e-06 - !!!!!!!!<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.0023475616&nbsp; 2.185875e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1202911e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0023475616&nbsp; 3.577063e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; 1&nbsp;
 0.0023475616&nbsp; 2.384061e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.596327e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; 0.0025252576&nbsp; 3.153489e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.111523e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.0016322592&nbsp; 7.5105142e-07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.5105142e-07&nbsp; !!!!!!<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0016322592&nbsp; 7.5105142e-07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp; 1&nbsp; 0.0016322592&nbsp; 1.505529e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0701894e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; 0.0017558112&nbsp; 1.991421e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4155806e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; 1&nbsp; 0.0016940352&nbsp; 2.384061e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1347322e-06<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">As you can see some values follows the rule others no. The question is? Am I wrong in&nbsp;use the rule to obtain the combinations for different atoms i and j ? In this case how can I obtain these values ? By the other hand, if this is not the case, what is wrong ?<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">&nbsp;</SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">Waiting for your reply, thanks a lot<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">&nbsp;</SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial; FONT-SIZE: 10pt">Sabrina. <o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></P></DIV><p>
                <hr size=1><a href="http://br.rd.yahoo.com/mail/taglines/*http://br.acesso.yahoo.com/">Yahoo! Acesso Grátis</a> - Internet rápida e grátis. Instale o discador do Yahoo! agora.