<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns:o = "urn:schemas-microsoft-com:office:office"><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1400" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=sabroggio@yahoo.com.br href="mailto:sabroggio@yahoo.com.br">Sabrina 
  Costa</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Wednesday, January 19, 2005 11:29 
  AM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [gmx-users] nonbonded LJ 
  parameters</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>&nbsp; 
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Hy all, 
  <o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">I trying 
  to understand differences between two parametrization for the LJ parameters 
  for the Fluor atom looking for the equilibrium distance and the energy at this 
  point, using some atoms of interest in the system TFE-Water. 
  <o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">I try to 
  reproduce the parameters in ffG43a1nb.itp using the geometrical approach&nbsp; 
  C12(i,j)=sqrt(C12(i,i)*C12(j,j). My surprise is that in the atom list we 
  have:<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">[ 
  atomtypes ]<BR>;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; 
  ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  c12<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 
  0.0022619536&nbsp; 7.4149321e-07<BR>&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 
  0.0022619536&nbsp; 1.505529e-06</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"></SPAN><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 
  0.0026173456&nbsp; 2.634129e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 0.0024364096&nbsp; 
  1.692601e-06<BR>&nbsp;&nbsp; &nbsp;F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp; 
  0.0011778624&nbsp; 7.6073284e-07<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">while 
  <o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">[ 
  nonbond_params ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; j 
  func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  c12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  c12=sqrt(c12(i)*c12(j)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 
  0.0022619536&nbsp; 
  1.380375e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.0565697e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0022619536&nbsp; 
  2.258907e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 
  0.0024331696&nbsp; 
  1.825875e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.3975653e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0024331696&nbsp; 
  2.987943e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OA&nbsp; 1&nbsp; 0.0024331696&nbsp; 
  1.991421e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.991421e-06 - !!!!!!!!<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.0023475616&nbsp; 
  2.185875e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.1202911e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0023475616&nbsp; 
  3.577063e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OA&nbsp; 1&nbsp; 0.0023475616&nbsp; 
  2.384061e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.596327e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; 0.0025252576&nbsp; 
  3.153489e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  2.111523e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  &nbsp;F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 
  0.0016322592&nbsp; 
  7.5105142e-07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  7.5105142e-07&nbsp; !!!!!!<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM&nbsp; 1&nbsp; 0.0016322592&nbsp; 
  7.5105142e-07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  OA&nbsp; 1&nbsp; 0.0016322592&nbsp; 
  1.505529e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0701894e-06<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; 0.0017558112&nbsp; 
  1.991421e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.4155806e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; 1&nbsp; 0.0016940352&nbsp; 
  2.384061e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  1.1347322e-06<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">As you 
  can see some values follows the rule others no. The question is? Am I wrong 
  in&nbsp;use the rule to obtain the combinations for different atoms i and j ? 
  In this case how can I obtain these values ? By the other hand, if this is not 
  the case, what is wrong ?</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Hi 
  Sabrina</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">The 
  Gromos van der walls parameters for an atom pair I,J are derived from the 
  relations stated by you.</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">But, and 
  there's always a but, since gromos f.fs does not contain a special term in the 
  interaction function in order to mimic hydrogen bonding properties of polar 
  atoms, their C12 (polar atoms) van der waals has been increased. I'm quoting 
  part of gromos&nbsp;manual.&nbsp; </SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">So, when 
  dealing with polar atoms, the C12 is higher than the one defined in 
  [pairtypes] field.</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Regards</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Nuno</SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"><o:p></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">&nbsp;</SPAN><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Waiting for your reply, thanks a 
  lot<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">&nbsp;</SPAN><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Sabrina. <o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></P></DIV>
  <P>
  <HR SIZE=1>
  <A 
  href="http://br.rd.yahoo.com/mail/taglines/*http://br.acesso.yahoo.com/">Yahoo! 
  Acesso Grátis</A> - Internet rápida e grátis. Instale o discador do Yahoo! 
  agora.
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing 
  list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 
  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>