<P>
&nbsp; <BR>
Hello Gromacs users,<BR>
<BR>
I am running MD for a protein with its crystal water. I have again solvated the system using genbox. Thus the topology file contains 4 groups under the division molecule as<BR>
<BR>
Molecule<BR>
<BR>
protein_A&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1<BR>
Ligand&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1<BR>
SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  150<BR>
SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 32459<BR>
<BR>
When i go for preprocessing the system for MD, i got an error<BR>
<BR>
Fatal error: atom no.2015 in more than one T-coupling groups (14 and 2)<BR>
<BR>
i checked the gro file to find that atom 2015 corresponds to last atom of the ligand.<BR>
<BR>
I checked the index file. it has no error. <BR>
So i have given the index&nbsp; file as an input and rerun the grompp command.<BR>
<BR>
This time i got an error<BR>
<BR>
FATAL error: atom 2469 in more than one T-coupling groups(15 and 2)<BR>
<BR>
and this atom corresponds to the last atom of the SOL (crystal water) group.<BR>
I have also checked the index file to find no error in grouping this atom.<BR>
<BR>
Can anyone suggest me how can i get rid of this problem<BR>
<BR>
Thanking you in advance<BR>
<BR>
Aparna
</P>


Vema Aparna <br>
Prof. G.&nbsp;R. Desiraju's&nbsp;Group, <br>
School of&nbsp;Chemistry <br>
University of&nbsp;Hyderabad <br>
Hyderabad -&nbsp;500 046 <br>
INDIA<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>