<P>
<BR>
Dear Gromacs Users,<BR>
<BR>
I am a new user of GROMACS. I would like to run&nbsp; MD run of a protein with ligand and crystal water bound to it. I have also solvated the system again using the explicit water.<BR>
<BR>
Now my system has the following groups as mentioned in top file<BR>
<BR>
Protein<BR>
Ligand<BR>
SOL (crystal water)<BR>
SOL<BR>
<BR>
I checked to keep both the solvent groups identified as SOL in .gro file.<BR>
<BR>
I was able to minimise the system however, when i try to run dynamics with position restraint. I get an error while preprocessing the file in grompp<BR>
<BR>
<BR>
Fatal error: Atom 2015 in multiple T-Coupling groups (14 and 2).<BR>
<BR>
Incidentally atom 2015 was found to be the last atom of the ligand. I used the index file. I deleted the group 2 and now i see the message<BR>
<BR>
Fatal error: Atom 2015 in multiple T-Coupling groups (13 and 2).<BR>
<BR>
and this continued untill i deleted all the groups in the index file. But now i got another error<BR>
<BR>
ERROR: SOL group not present<BR>
<BR>
<BR>
Is it feasible to run MD with both crystal water and explicit water.<BR>
<BR>
Can you suggest me how to rectify this problem.<BR>
<BR>
<BR>
Thanking you,<BR>
<BR>
Sincerely,<BR>
<BR>
Aparna<BR>
==================================<BR>
Vema Aparna<BR>
Prof. G. R. Desiraju's Group,<BR>
School of Chemistry<BR>
University of Hyderabad<BR>
Hyderabad - 500 046<BR>
INDIA<BR>
==================================
</P>


Vema Aparna <br>
Prof. G.&nbsp;R. Desiraju's&nbsp;Group, <br>
School of&nbsp;Chemistry <br>
University of&nbsp;Hyderabad <br>
Hyderabad -&nbsp;500 046 <br>
INDIA<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>