<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

Andrey V Golovin a &eacute;crit:<br>

<blockquote type="cite"

 cite="mid257844426.20050210032128@genebee.msu.su">

  <pre wrap="">Dear All!

We added RNA/DNA entries to OPLS-AA/L force field.

If you interested please look at :

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/topologies/force_fields.php">http://www.gromacs.org/topologies/force_fields.php</a>

Some info about testing and building of the records you can found at:

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://rnp-group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html">http://rnp-group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html</a>

PLEASE take in account that it is alpha-alpha version. Some additional

testing is needed AND careful compassion with the literature is needed

also.

  </pre>

</blockquote>

bonjour &nbsp;andrey,<br>

<br>

after some work &nbsp;and &nbsp;many "try and error" &nbsp;i have succeeded &nbsp;to <br>

build &nbsp;the various files which are necessary for running &nbsp; Gromacs <br>

calculations &nbsp;on a DNA_decamer with &nbsp;about <b>60 &nbsp;water molecules</b>, <br>

<b>2 &nbsp;Ca++ ions</b> &nbsp;and &nbsp;<b>15 &nbsp;Na+ &nbsp;ions</b> &nbsp;to neutralise &nbsp;the excess

&nbsp;negative<br>

charges &nbsp;due to phosphate groups.<br>

<br>

i get &nbsp;a surprising result &nbsp;after 1ns &nbsp;of simulation &nbsp;( about 3hours

&nbsp;on a Linux_PC) :<br>

<br>

the double-helix &nbsp;ends up in a dissociated &nbsp;state.<br>

<br>

for this calculation i use &nbsp; - a <b>triclinic &nbsp;box</b><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -&nbsp; <b>pme</b> &nbsp;for

electrostatics<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; - &nbsp;T_coupling &nbsp;at <b>300K</b><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; - &nbsp; <b>no</b> &nbsp;P_coupling<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; - &nbsp; <b>oplsaar</b> &nbsp;force field<br>

<br>

my experience &nbsp;in &nbsp;MD_simulations &nbsp;is &nbsp;not &nbsp;tremendous, especially <br>

concerning &nbsp;the simulation parameters.<br>

<br>

- i am wondering &nbsp;if &nbsp;i have &nbsp;choosen the <b>right &nbsp;box &nbsp;form</b> &nbsp;?<br>

- what about &nbsp;the <b>box dimensions</b> ?<br>

- may be the number of water molecules &nbsp;is <b>too small</b> for this

system ?<br>

- and last&nbsp; but not least &nbsp;i don't know if the <b>periodic boundary

conditions</b> <br>

are on or off ?<br>

<br>

a lot of questions.<br>

<br>

i would &nbsp;appreciate your &nbsp;helpfull &nbsp;advices.<br>

<br>

merci , &nbsp;cordialement<br>

<br>

marc kreissler<br>

<br>

<br>

</body>

</html>