<DIV>Dear gromacs list:</DIV>
<DIV>Conserning with a question that I have readen about freeze vrs. constraint. I am running a molecular simulation with a part of&nbsp;a polimerase ( I have made a cut into the protein) and for that reason I froze the backbone of the protein. The problem is that Gromacs couldnt finish the dinamic simlution because there was an error in the cut-off parameters, it seems that the problem was with the pbc, nstlist and pressure scale.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>My question is How can I improve that?, I have put all cut-off =0 and the molecular dinamics is runinng with pbc= no, but actually I dont know if it is correct</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Any idea will be accepted</DIV>
<DIV>Thanks in advance</DIV>
<DIV>Cesar</DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com