<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

<blockquote>

  <div class="moz-text-html" lang="x-western"> hello david,<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am attaching the rtp file for my LINKER (LIN)along

with this mail.<br>

  <br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <big>H</big> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp; &nbsp; O<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<big> | </big>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;||<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-CA-C(<big>-<font

 face="Helvetica, Arial, sans-serif">N-CA-CB-N1</font></big>)-C-CA-<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; || &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<big> &nbsp; &nbsp; |</big><br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; <big>&nbsp; &nbsp;H1<br>

  <br>

The &nbsp;linker section (-NH-CH2-CH2-NH-) attached to the carbonly group of

two adjacent amino acids is as shown above.<br>

  <br>

Here CA and CB within my linker (shown in bold) atoms are of atom type

CH2.<br>

  <br>

The rtp file for this linker was developed by checking the

corresponding "atom types" from the database topology file of gromacs.<br>

  <br>

rtp file:<br>

  </big>[ LIN ]<br>

&nbsp;[ atoms ]<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

&nbsp;[ bonds ]<br>

&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2<br>

&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20<br>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26<br>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20<br>

&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2<br>

&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp; +C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9<br>

[ angles ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos type<br>

&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>

&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<br>

&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17<br>

&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<br>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17<br>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30<br>

&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31<br>

&nbsp;[ impropers ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>

&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>

&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1<br>

&nbsp;[ dihedrals ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<br>

&nbsp;&nbsp; -CA&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4<br>

&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19<br>

  <br>

But as i have mentioned before,pdb2gmx program does not read my LIN

molecule.<br>

  <br>

Please suggest something.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanking you,<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Alok Jain<br>

  <br>

  <big><br>

  </big><br>

  <br>

  <br>

David wrote:<br>

  <blockquote type="cite" cite="mid1109178131.5543.2.camel@studio.bibu">

    <pre wrap="">On Wed, 2005-02-23 at 22:26 +0530, Alok wrote:

  </pre>

    <blockquote type="cite">

      <pre wrap="">Hello David,

                        I include my linker molecule (defined as LIN )in 

the rtf and hdb files. i also add this LIN in aminoacids.dat file 

because i want to consider this linker as a part of protein. I also 

increase the  total count in aminoacids.dat file by one.

    but pdb2gmx  program does not reconize my linker lolecule (LIN)

i encounter follwing fatal error..

    </pre>

    </blockquote>

    <pre wrap=""><!---->

rtp file.

  </pre>

    <blockquote type="cite">

      <pre wrap="">Fatal error: Residue 'LIN' not found in residue topology database

i also check the pdb2gmx.log file (flag -debug) in which it is not 

reading my linker molecule.

part of the ouput from the log file generated by pdb2gmx which shows the 

molecules read by the program from the rtf file is as :

 80    AR     1          0          0          0          0          0

 81 SO42-     5          4          6          0          0          0

 82  ZN2+     1          0          0          0          0          0

 83   NA+     1          0          0          0          0          0

 84   CL-     1          0          0          0          0          0

 85  CA2+     1          0          0          0          0          0

 86  MG2+     1          0          0          0          0          0

 87  CU1+     1          0          0          0          0          0

 88  CU2+     1          0          0          0          0          0

 89   H2O     3          3          0          0          0          0

 90   HOH     3          3          0          0          0          0

 91   HO4     4          3          0          0          0          0

 92  H2OE     3          3          0          0          0          0

 93 CHCL3     5          9          0          0          0          0

 94  DMSO     4          6          0          0          0          0

 95 CH3OH     3          3          0          0          0          0

 96  CCL4     5          9          0          0          0          0

Here in this output i do not find my LIN molecule which is defined after 

CCL4 in the rtf file.

Am i going wrong somewhere?? Please suggest.

      Thanking you,

          Alok Jain

David wrote:

    </pre>

      <blockquote type="cite">

        <pre wrap="">On Wed, 2005-02-23 at 11:52 +0530, Alok wrote:

      </pre>

        <blockquote type="cite">

          <pre wrap="">hello David,

                  Thank you for your reply.So we will include our 

linker section molecule in the rtf and hdb files.But we are still not 

sure of the parameters we are to take for the linker molecule.Should I 

directly take the parameters mentioned in the ' itp file ' generated by 

the PRODRG server ??????

                         The linker section forms a covalent bond with 

the peptide.The carbonyl group at both ends of the peptide 

(XXX-NH-CH2-CH2-NH-XXX) forms a covalent bond with the amino group at 

the ends of the linker section.

        </pre>

        </blockquote>

        <pre wrap="">It depends on your force field. 

      </pre>

      </blockquote>

      <pre wrap="">_______________________________________________

gmx-users mailing list

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>

<a class="moz-txt-link-freetext"

 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 

www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated"

 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

    </pre>

    </blockquote>

  </blockquote>

  </div>

</blockquote>

</body>

</html>