<P>
&nbsp; Sir,<BR>
I have a protein transferrinthat contains a Fe and a CO3 hetero molecule. I used the ffG43a1 force field. When i ran pdb2gmx i got an ERROR saying the CO3 residue was not found in the database. I tried to add the molecule to the datadase i got the itp file&nbsp; from PRODRG2 server :<BR>
<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  When using this software in a publication, cite:<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  PRODRG - a tool for high-throughput crystallography<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  of protein-ligand complexes.<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
<BR>
[ moleculetype ]<BR>
; Name nrexcl<BR>
CO3&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3<BR>
<BR>
[ atoms ]<BR>
;&nbsp;  nr&nbsp; &nbsp; &nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;  charge&nbsp; &nbsp;  mass<BR>
&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OM&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; CO3&nbsp; &nbsp;  OAA&nbsp; &nbsp;  1&nbsp;  -0.221&nbsp; 15.9994<BR>
&nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  C&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; CO3&nbsp; &nbsp;  CAC&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.494&nbsp; 12.0110<BR>
&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OM&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; CO3&nbsp; &nbsp;  OAB&nbsp; &nbsp;  1&nbsp;  -0.221&nbsp; 15.9994<BR>
&nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OM&nbsp; &nbsp;  1&nbsp; CO3&nbsp; &nbsp;  OAD&nbsp; &nbsp;  1&nbsp;  -0.052&nbsp; 15.9994<BR>
<BR>
[ bonds ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, ...<BR>
&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0 ;&nbsp;  OAA&nbsp; CAC<BR>
&nbsp;  2&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0 ;&nbsp;  CAC&nbsp; OAB<BR>
&nbsp;  2&nbsp;  4&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0&nbsp; &nbsp; 0.125&nbsp; &nbsp; 418400.0 ;&nbsp;  CAC&nbsp; OAD<BR>
<BR>
[ pairs ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, ...<BR>
<BR>
[ angles ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, ...<BR>
&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1 ;&nbsp;  OAA&nbsp; CAC&nbsp; OAB<BR>
&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp;  4&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1 ;&nbsp;  OAA&nbsp; CAC&nbsp; OAD<BR>
&nbsp;  3&nbsp;  2&nbsp;  4&nbsp;  1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1&nbsp; &nbsp; 126.0&nbsp; &nbsp; &nbsp;  502.1 ;&nbsp;  OAB&nbsp; CAC&nbsp; OAD<BR>
<BR>
[ dihedrals ]<BR>
; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp; &nbsp; c0, c1, m, ...<BR>
&nbsp;  2&nbsp;  4&nbsp;  3&nbsp;  1&nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 1673.6 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 1673.6 0 ; imp&nbsp;  CAC&nbsp; OAD&nbsp; OAB&nbsp; OAA<BR>
<BR>
and then i tried to update the ff&lt;***&gt;.rtp file by adding the following lines to the last of the .rtp file <BR>
[CO3]<BR>
[atoms]<BR>
OAA OM&nbsp; -0.221&nbsp; 0<BR>
CAC&nbsp; C&nbsp; 0.494&nbsp;  1<BR>
OAB&nbsp; OM&nbsp; -0.221 0<BR>
OAD&nbsp; OM&nbsp; -0.052 2<BR>
&nbsp; I obtained the details from the .itp file from PRODRG2 server<BR>
but still i am not able to run pdb2gmx the error is that :<BR>
&nbsp; &quot;Atom C in residue CO3 330 not found in rtp entry with 4 atoms while sorting atoms &quot;<BR>
<BR>
&nbsp; I dont know how to proceed further. <BR>
please guide me where i went wrong
</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>