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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hi,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I am a bit coarse-grain MD with one &#8220;atom&#8221; of
Van der Waals radius 50A of charge -200 in the center and counter-ions of
charge +1 (radii 1A) spreading around. After trying with specifying LJ
parameters according to <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>r = power(2,1/6)*sigma<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>epsilon = 0.001 //I would like to have my
&#8220;atoms&#8221; drop sharply at 100A, 52A, or 2A<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I found that they did not play a role in simulation (the
model collapsed or exploded). Then I came across of the option of &#8211;table
in mdrun in supplying custom VDW/Coulomb potential table (together use with
coulombtype=User in md.mdp).<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>The example files under /usr/local/gromacs/share/top/table6-12.xvg
shows that there is seven columns.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>My question is that since I have several types of
interaction:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>50A-50A<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>50A-1A<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>1A-1A<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>How can I supply potential tables to them repectively?
Thanks.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Regards,</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Yang Ye</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><em><i><font size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;
font-family:Arial'>Computational Biology Lab</span></font></i></em><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><st1:place w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on"><em><i><font
  size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;font-family:Arial'>School</span></font></i></em></st1:PlaceType><em><i><font
 size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;font-family:Arial'> of <st1:PlaceName
 w:st="on">Biological</st1:PlaceName></span></font></i></em></st1:place><em><i><font
size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;font-family:Arial'> Sciences</span></font></i></em><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><em><i><font size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;
font-family:Arial'>Nanyang Technological University</span></font></i></em><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><st1:country-region w:st="on"><st1:place w:st="on"><em><i><font
  size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;font-family:Arial'>Singapore</span></font></i></em></st1:place></st1:country-region><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><em><i><font size=1 face=Arial><span style='font-size:7.5pt;
font-family:Arial'>Tel: 65 6316 2884</span></font></i></em><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

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