Dear all,<BR>
<BR>
my task is to calculate the differences in free energy between several binding modes of a ligand (about 40 heavy atoms) binding to a protein. the perturbation and the slow growth methods don't seem to work out. Is there another way to do the free energy calculations? What about MM-PBSA, does anyone have experience in this?<BR>
<BR>
Thanks in advance for any support!<BR>
<BR>
Martin<BR>
<BR>
<BR>
<BR>