<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2604" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>HI ALL</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>I&#8217;m simulating 
protein in DPPC membrane .<?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>At the beginning 
of simulation, in my *.mdp file I put zero for<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>tau_p<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>in order to have fixed box.<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><SPAN 
style="mso-spacerun: yes"></SPAN>But after 1ns simulation the size of the box 
has changed. </SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><SPAN 
style="mso-spacerun: yes"><FONT face=Arial 
size=2></FONT></SPAN></SPAN>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>&#8230;.</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
lang=EN-US>&#8230;.<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Pcoupl<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; 
</SPAN>berendsen<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Pcoupltype<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>= semiisotropic<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>tau_p<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>0<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
lang=EN-US>compressibility<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>0<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>4.5e-5<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>ref_p<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>1.0<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>1.0<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>&#8230;.</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>&#8230;.</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>&#8230;.</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Is fixing of box 
size only possible by<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Pcoupl<SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN 
style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; 
</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>no ?</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US>Please give me 
some comment on this and thank you in advance.</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
lang=EN-US>Michal<o:p></o:p></SPAN></P></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>