<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1459" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear all,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am wondering if I remove the script line: "pbc = 
xyz" from my .mdp file, whether the program will automatically always center the 
protein in the solvent box. Appreciate you reply, please.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>nancy</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=fit_tone@163.com href="mailto:fit_tone@163.com">zjim</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">discussion list for gromacs users</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Monday, April 04, 2005 5:58 
PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [gmx-users] trjconv</DIV>
  <DIV><BR></DIV><BR>maybe you needn't use "-n index.ndx", i always do as 
  "trhconv -f *.trr -s *.tpr -o *.trr" it is ok. <BR>&gt; Hi all,<BR>&gt; 
  <BR>&gt; I use<BR>&gt; &gt; trjconv -f md.trr -s b4md.tpr -n index.ndx -o 
  md_500ps.trr -e 500<BR>&gt; to extract 500ps trajectory from 1ns 
  trajectory.<BR>&gt; <BR>&gt; but I found the output trr file is only one 
  fourth of the original one.<BR>&gt; <BR>&gt; what is deleted when I use this 
  command?<BR>&gt; <BR>&gt; thanks for your reply in advance.<BR>&gt; <BR>&gt; 
  Regards,<BR>&gt; <BR>&gt; Jian Zou<BR>&gt; <BR>&gt; 
  _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing 
  list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; 
  http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please don't post 
  (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it 
  to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; <BR><!-- footer --><BR><BR><BR>
  <TABLE cellSpacing=1 cellPadding=0 width="100%" border=0>
    <TBODY>
    <TR>
      <TD bgColor=#09448e height=1></TD></TR></TBODY></TABLE><FONT 
  style="FONT-SIZE: 14px"><!--广告footer 开始--><!--广告footer 结束--><!--内部footer开始--><BR><A 
  href="http://www.188.com/index.htm?from=" target=_blank><IMG height=69 
  src="http://mimg.mail.188.com/images/footer_188s2.gif" width=70 align=left 
  border=0></A> <BR>
  <P style="LINE-HEIGHT: 250%">&nbsp;&nbsp;<A 
  href="http://www.188.com/index.htm?from= target=" _blank?><FONT 
  color=blue>网易188财富邮--财富的象征;全新开放, <FONT 
  color=red>丰富用户名</FONT>等您注册</A><BR>&nbsp;&nbsp;<A 
  href="http://www.188.com/index.htm?from=" target=_blank>最大</FONT><FONT 
  color=red><B>5G</B></FONT><FONT color=blue>空间,附件</FONT><FONT 
  color=red><B>40兆</B></FONT><FONT color=blue>收发;免费注册体验 http://www.188.com/</A> 
  <IMG height=16 src="http://mail.126.com/favicon.ico" width=16 align=absMiddle 
  border=0> </P><!--内部footer结束--></FONT>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing 
  list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 
  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org.</FONT></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>