<P>Just continuing this discussion, does g_dielectric takes numbers in the index file as atom numbers, unlike g_dipoles, which takes them as molecule numbers?</P><P>&nbsp;<BR><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt><B>David &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</B></FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org</FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>04/15/2005 05:14 PM ZE2Please respond toDiscussion list for GROMACS users </FONT><BR><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>To</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</FONT><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>cc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>bcc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Subject</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Re: [gmx-users] g_dipoles, a bug?</FONT><BR> &nbsp;<BR><BR></P><P><FONT FACE="Monospace,Courier">On Fri, 2005-04-15 at 23:01 +0800, xieyh@hkusua.hku.hk wrote:<BR>&gt; Dear David:<BR>&gt;<BR>&gt; I can not under that g_dipoles interpret the atoms numbers as molecule numbers.<BR>&gt; For example, I have a system as the follows:<BR>&gt; atom 1 &nbsp;~100: my molecule<BR>&gt; atom 101~120: dummy atoms<BR>&gt; atom 121~500: water<BR>&gt; When I use g_dipoles, I choose the group &quot;101~120&quot;. Anything is wrong? Because<BR>&gt; my result for dipole moment of dummy atoms is actually not equal to zero.<BR>&gt;<BR>g_dipoles interprets this as molecule 100 to molecule 120. Check your<BR>tpr file (using gmxcheck) for the molecule numbers (or your .top file).<BR>If your dummy atoms together are e.g. molecule 6 then your index file<BR>should only contain:<BR>[ dummies ]<BR>6<BR></FONT><BR><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">&gt;<BR>&gt; Thanks,<BR>&gt;<BR>&gt; Xie Yinghong<BR>&gt; Hong Kong Univ.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; &gt;On Fri, 2005-04-15 at 22:11 +0800, xieyh at hkusua.hku.hk wrote:<BR>&gt; &gt;&gt; Dear Dr. David:<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; I am very sure that I used an index file to refer to the dummy atoms.<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; g_dipoles -f full -s full -n index -o Mtot<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; and then chose the group only including dummy atom numbers.<BR>&gt; &gt;Yes, but g_dipoles interprets the atom numbers as molecule numbers. In<BR>&gt; &gt;other words you can only analyse complete molecules. And if they have no<BR>&gt; &gt;charge they won't have a dipole either.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; <A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>--<BR>David.<BR>________________________________________________________________________<BR>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden<BR>phone: &nbsp;46 18 471 4205 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: 46 18 511 755<BR>spoel@xray.bmc.uu.se &nbsp; &nbsp;spoel@gromacs.org &nbsp; <A HREF=http://xray.bmc.uu.se/~spoel>http://xray.bmc.uu.se/~spoel</A><BR>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR><A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the</FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</FONT></P>