<html>
<body>
Dear Nancy,<br><br>
write it with a text editor.<br><br>
the file 'pair.ndx' could be this way (without the '----..-') :<br>
-------------------------------------
<dl>
<dd><tt>[ atom0 ]
<dd>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

<dd>[ atom1 ]
<dd>&nbsp;&nbsp; 21</tt>
</dl>-------------------------------------<br>
&nbsp;757 and 907 are the atom number, pick them from the&nbsp; *.gro
file <br><br>
Example: my *gro has this two atoms (1 and 21)<br>
-------------------------------------<br>
<tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SER&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2.304&nbsp;&nbsp; 3.357&nbsp;
-2.080<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; ...<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2GLN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp; 2.356&nbsp;&nbsp; 3.455&nbsp; -1.605<br>
</tt>-------------------------------------<br><br>
<br>
the file&nbsp; 'pair.dat' could be this way (without the '----..-'):<br>
-------------------------------------<br>
<tt><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>0
1<br>
</tt>-------------------------------------<br><br>
<br>
then issue: <br><br>
<tt><x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>g_dist
-f md.trr -s md.tpr -n pair.ndx -o dist_pair_t.xvg &lt; pair.dat<br><br>
</tt>of course, put trajectory and tpr file in local dir.<br><br>
Diego Vallejo<br>
(BTW, nice pic)<br>
-------------------------------------------------------------<br><br>
<br>
&nbsp;Dear All,<br><br>
Would anyone mind telling me how to define the index of two atoms in
order<br>
to monitor the time-dependent distance between the pair??? For example,
the<br>
first atom is backbone &quot;N&quot; from residue 19, and the 2nd atom is
from<br>
sidechain &quot;OD1&quot; from residue 99.<br><br>
<br>
</body>
</html>