<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2627" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I&#8217;m running MD of lipid membrane made of three 
types of lipids (PS, PC, PE)<BR>I always get VCM after about 300 to 400 
ps.&nbsp; <BR>In my *.mdp file I&#8217;m using to groups lipidpcpeps and sol_ion for 
<BR>center of mass motion removal and temperature coupling.&nbsp; <BR>I tried 
using different configurations for my groups then <BR>position restraints&nbsp; 
lipids but I didn&#8217;t<BR>help.&nbsp; What can I do to solve this 
problem?</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><BR>---------------------------------------------------------------------------------------<BR>Error 
message in log file:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
90000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
180.00002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between 
atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before 
LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.048160&nbsp;&nbsp; 
4236&nbsp;&nbsp; 4238&nbsp;&nbsp; 
0.018847<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After 
LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000018&nbsp;&nbsp; 
5223&nbsp;&nbsp; 5224&nbsp;&nbsp; 0.000004</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies 
(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper 
Dih.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.09413e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.60613e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.94364e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
3.61899e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8.39084e+02<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb 
(SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.19145e+03&nbsp;&nbsp; 
-5.51505e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.34016e+04&nbsp;&nbsp; -4.03104e+05&nbsp;&nbsp; 
-1.55198e+05<BR>&nbsp;Position Rest.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total 
Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
3.18901e+04&nbsp;&nbsp; -5.01565e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.08787e+04&nbsp;&nbsp; 
-4.10686e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00361e+02<BR>&nbsp;Pressure 
(bar)<BR>&nbsp;&nbsp; -5.80396e+02<BR>Large VCM(group lipidpcpeps): 
12860086.00000, 5915031552.00000, 60308048.00000, ekin-cm:&nbsp; 
1.84720e+24</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>-----------------------------------------------------------------------------------------<BR>my 
mdp file:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp;&nbsp; blona 4ns ps pe 
pc<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
/lib/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
-DFLEX_SPC<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
hbonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps 
!<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1000000&nbsp; 
<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
20000<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
20000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
20000<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
10000<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
10000<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
10000<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.9</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>; Method for doing 
VdW<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
Cut-off<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 0.9</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>; Method for doing 
electrostatics<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
yes</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>; Berendsen temperature coupling is on in two 
groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; sol_ion lipidpcpeps 
<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 0.01&nbsp;&nbsp; 
0.01<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 300&nbsp; 300 <BR>; Energy 
monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 
PC&nbsp; PE PS&nbsp;&nbsp; SOL Na</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>; Generate velocites is off at 300 
K.<BR>;gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

300.0<BR>;gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 173529<BR>; Groups for center of mass motion 
removal<BR>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; sol_ion lipidpcpeps<BR>; Mode for center of mass motion 
removal<BR>comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; linear<BR>; Center of mass 
control<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>; Periodic boundary 
conditions<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; xyz</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>----------------------------------------------------------------------------<BR></FONT></DIV></BODY></HTML>