<DIV>I want to calculate the number of water between protein and ligand in entire simulation process , I can not&nbsp; konw if your program is suitable for this question. Thank you!<BR><BR><B><I>Oliver Beckstein &lt;oliver@biop.ox.ac.uk&gt;</I></B> 写道:
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">&gt; Dear sir : I am GMX user . I need your tool "g_occupancy"to calculate<BR>&gt; water number in certain region. Thank you in advance!<BR><BR>I'm not entirely sure what you want to count, and in which region, but you<BR>could try some of the following:<BR><BR>- ask David Bostick for g_occupancy.c (or perhaps he had already posted<BR>the code here or on the contributions page?)<BR><BR>- trjorder<BR><BR>- try to compile my g_count<BR>http://sansom.biop.ox.ac.uk/oliver/download/Gromacs/g_count-0.1.tar.bz2<BR>(less general than g_occupancy)<BR><BR>- try to compile my gridcounter (for 3D densities, see<BR>http://sansom.biop.ox.ac.uk/oliver/software/#gridcount )<BR><BR>(Please take note of the remarks in<BR>http://sansom.biop.ox.ac.uk/oliver/download/Gromacs/ with respect to<BR>disclaimers, licensing, compiling and reporting bugs)<BR><BR>Oliver<BR><BR>--<BR>Oliver Beckstein *
 oliver@biop.ox.ac.uk<BR>http://sansom.biop.ox.ac.uk/oliver/<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR></BLOCKQUOTE></DIV><p><br><hr size=1><b>Do You Yahoo!?</b><br>
<a href="http://music.yisou.com" target=blank>150万曲MP3疯狂搜,带您闯入音乐殿堂</a><br><a href="http://image.yisou.com" target=blank>美女明星应有尽有,搜遍美图、艳图和酷图</a><br>
<a href="http://cn.rd.yahoo.com/mail_cn/tag/1g/*http://cn.mail.yahoo.com/event/mail_1g/" target=blank>1G就是1000兆,雅虎电邮自助扩容!</a>