<P>
&nbsp; Dear Sir,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I have to run MD simulation for a protein under certain pH and i have added the hydrogens to the pdb file accordingly using BUILDER module in InsightII.&nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Now i have the pdb file with required hydrogens added and i want to generate a gro file but i dont want pdb2gmx to add further hydrogens to my pdb file.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  What are my options?<BR>
<BR>
Balamurugan<BR>
Bioinformatics Centre<BR>
Pondicherry University<BR>
India<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>

</P>
<br><br>
<A target="_blank" HREF="http://clients.rediff.com/signature/track_sig.asp"><IMG SRC="http://ads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.cgi/www.rediffmail.com/inbox.htm@Bottom" BORDER=0 VSPACE=0 HSPACE=0></a>