<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=ISO-8859-1">
  <title></title>
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
Hi,<br>
<br>
I've managed to view concoord trajectories using VMD by loading the pdb
file first (dist.pdb) and then the xtc.<br>
<br>
Ran.<br>
<br>
Nuno R. L. Ferreira wrote:<br>
<blockquote type="cite" cite="mid0d8801c55f94$dbfb1170$0a0110ac@gandalf">
  <pre wrap="">----- Original Message ----- 
From: "Ruben Martinez-Buey" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:ruben@akilonia.cib.csic.es">&lt;ruben@akilonia.cib.csic.es&gt;</a>
To: "Discussion list for GROMACS users" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a>
Sent: Monday, May 23, 2005 1:37 PM
Subject: [gmx-users] visualizing CONCOORD trayectory


  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Hi all,
I have generated a CONCOORD trajectory in xtc format (with all atoms
included) and I want to see it . Since I have no a tpr file to use  as
input for ngmx I cannot see the trayectory. Furthermore, with  VMD  it
can be only visualized as one spot/atom, but I cannot see ribbons,
trace, wireframe, backbone or any other grahical representation. Do you
know how to solve this?
    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
It seems VMD isn't able to make the bonds between atoms.
Have you read first a gro file of your system, and only after your xtc traj?

  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Thanks a lot in advance for your kind attention,
Bests,
Ruben

_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.


    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->

_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
 
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 This Mail Was Scanned By Mail-seCure System
 at the Tel-Aviv University CC.
  </pre>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Laser Laboratory for Fast Reactions in Biology
Department of Biochemistry
Faculty of Life Sciences
Tel-Aviv University
Tel. +972-3-6409824
Fax. +972-3-6409875
------------------------------------------------------
</pre>
</body>
</html>