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<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2900.2627" name=GENERATOR></HEAD>
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class=066233722-31052005><FONT face=Arial 
color=#0000ff>&nbsp;&gt;&nbsp;</FONT></SPAN>Let me know how to make use of the 
VMD to view the gromacs file of the drug-enzyme complex?<SPAN 
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color=#0000ff>&nbsp;</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005>Start up VMD, click on "File", "New Molecule", 
"Browse", find the molecule file (*.gro)&nbsp;and "Load" 
it.</SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005><FONT face=Arial 
color=#0000ff>&nbsp;&gt;&nbsp;</FONT></SPAN>Is it possible to<SPAN 
class=066233722-31052005><FONT face=Arial color=#0000ff>&nbsp; 
&nbsp;</FONT></SPAN>visualize the same in the INSIGHT II before entering into 
simulation or solvation step?<SPAN class=066233722-31052005><FONT face=Arial 
color=#0000ff>&nbsp;</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005>? Not sure what you are asking there.&nbsp; Depends on 
what file formats you can load into Insight, if it can handle the *.gro file, 
then you can load and view it.</SPAN></FONT></FONT></DIV>
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color=#0000ff>&nbsp;&gt;&nbsp;</FONT></SPAN>What is the desired command to be 
given to see the drug-enzyme complex with hydrogens added in&nbsp; gromacs?<SPAN 
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color=#0000ff>&nbsp;</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005>Just load it up and all atoms present in the *.gro file 
will be shown.&nbsp; Then change the representation to 
suit.</SPAN></FONT></FONT></DIV>
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color=#0000ff>&gt;&nbsp;</FONT></SPAN>How to get the VMD software?<SPAN 
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color=#0000ff>&nbsp;</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2><SPAN class=066233722-31052005>Type "VMD" into google.com, or any other 
search engine, find the VMD home page and get it from 
there.</SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005></SPAN></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005><FONT face=Arial color=#0000ff>&gt;</FONT></SPAN>Is 
there any other molecular visualisation tool for viewing<SPAN 
class=066233722-31052005><FONT face=Arial color=#0000ff>&nbsp; 
&nbsp;</FONT></SPAN>the molecule?<SPAN class=066233722-31052005><FONT face=Arial 
color=#0000ff>&nbsp;</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
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<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005>There are plenty, few have been mentioned on this 
emailing list, so try a search.</SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005></SPAN></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005><FONT face=Arial color=#0000ff>Catch 
ya,</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face="Courier New, Courier, mono"><FONT size=2><SPAN 
class=066233722-31052005><!-- Converted from text/plain format -->
<P><FONT size=2>Dr. Dallas Warren<BR>Lecturer<BR>Department of Pharmaceutical 
Biology and Pharmacology<BR>Victorian College of Pharmacy, Monash 
University<BR>381 Royal Parade, Parkville VIC 
3010<BR>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<BR>+61 3 9903 
9073<BR>---------------------------------<BR>When the only tool you own is a 
hammer, every problem begins to resemble a nail.</FONT> 
</P></SPAN></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>