<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7226.0">
<TITLE>Add new atom type</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Dear All:</FONT></SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&#8217;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">m doing a classical MD</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT SIZE=2 FACE="Arial">with Gromacs 3.2</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT SIZE=2 FACE="Arial">where I want to use the ffgmx.it</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial"> and ions.itp with a new type for which I have defined the force fields parameters in topol</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">ogy file. When I add new type, say ABC in the list in ffgmx.atp, grompp is still complaining abou</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">t</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial"></FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT SIZE=2 FACE="Arial">&#8220;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">AtomType ABC not found</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&#8221;</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">.</FONT></SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Is there anything else I should do</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">?</FONT></SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Regards,</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"></SPAN><A NAME=""><SPAN LANG="en-us">Adama Tandia</SPAN></A></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">Modeling &amp; Simulation</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">Corning INC</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">SP DV 01-01</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">Corning NY 14831 USA</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">Tel:&nbsp; 607 248 1036</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">Fax: 607 074 3405</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us">www.corning.com</SPAN></P>

<P ALIGN=LEFT><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

</BODY>
</HTML>